MirGeneDB ID | Cfa-Mir-203-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-203 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-203-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-203-v2 Ami-Mir-203-v2 Bta-Mir-203-v2 Cpi-Mir-203-v2 Cpo-Mir-203-v2 Dno-Mir-203-v2 Ete-Mir-203-v2 Gga-Mir-203-v2 Gja-Mir-203-v2 Hsa-Mir-203-v2 Lch-Mir-203 Loc-Mir-203-v2 Mdo-Mir-203-v2 Mml-Mir-203-v2 Mmu-Mir-203-v2 Mun-Mir-203-v2 Oan-Mir-203-v2 Ocu-Mir-203-v2 Pbv-Mir-203-v2 Rno-Mir-203-v2 Sha-Mir-203-v2 Spt-Mir-203 Sto-Mir-203-v2 Tgu-Mir-203-v2 Xtr-Mir-203-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr8: 71774264-71774323 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-203-v2) |
Mir-203-v1
chr8: 71774264-71774323 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-203-v2 chr8: 71774264-71774323 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGCCCGCGGACUUCCCGGCGCGCUGGGUCCAGUGGUUCUUAACAGUUCAACAGUUCUGUAGCGCAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUAGCCCCGGCGGGCCCGGCGGCGGCGGCCGGACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CGCCCGCGGACUUCCCG--| G UCC U G A GUUCUGU GC CGCUGGG AGUGGUUCU AACA UUCA CA \ CG GCGGCCC UCACCAGGA UUGU AAGU GU A CAGGCCGGCGGCGGCGGCC^ G CGA U A - UAACGCG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cfa-Mir-203-v2_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUGGUUCUUAACAGUUCAACA -22
Get sequence
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Mature sequence | Cfa-Mir-203-v2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0009866 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UGAAAUGUUUAGGACCACUAG -60
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-203 miRDB: MIMAT0009866 |