MirGeneDB ID | Xtr-Mir-203-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-203 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGAAAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | xtr-mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xtr-Mir-203-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-203-v1 Ami-Mir-203-v1 Bta-Mir-203-v1 Cfa-Mir-203-v1 Cja-Mir-203-v1 Cpi-Mir-203-v1 Cpo-Mir-203-v1 Dno-Mir-203-v1 Eca-Mir-203-v1 Ete-Mir-203-v1 Gga-Mir-203-v1 Gja-Mir-203-v1 Hsa-Mir-203-v1 Lch-Mir-203 Loc-Mir-203-v1 Mdo-Mir-203-v1 Mml-Mir-203-v1 Mmr-Mir-203-v1 Mmu-Mir-203-v1 Mun-Mir-203-v1 Neu-Mir-203-v1 Oan-Mir-203-v1 Ocu-Mir-203-v1 Pab-Mir-203-v1 Pbv-Mir-203-v1 Rno-Mir-203-v1 Sha-Mir-203-v1 Spt-Mir-203 Sto-Mir-203-v1 Tgu-Mir-203-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (xenTro9_add) |
chr8: 77988327-77988386 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-203-v1) |
Mir-203-v1
chr8: 77988327-77988386 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-203-v2 chr8: 77988327-77988386 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGAUCACACAGAUUUCUGUCUCCCUGGCCGAGUGGUUCUUAACAGUUCAACAGUUCUCUAUCGAAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGAUCCGGGUGACUCUCUCUGCCAAGGGUGCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GGAUCACACAGAUUUCU--| U U GC U G A UUCUCU GUC CCC G CGAGUGGUUCU AACA UUCA CAG \ CAG GGG C GUUCACCAGGA UUGU AAGU GUU A ACGUGGGAACCGUCUCUCU^ U C UA U A - AAAGCU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Xtr-Mir-203-v1_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUGGUUCUUAACAGUUCAACAG -23
Get sequence
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Mature sequence | Xtr-Mir-203-v1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0003695 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- GUGAAAUGUUUAGGACCACUUG -60
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-203 |