MirGeneDB ID | Cpo-Mir-615 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-615 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CCGAGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-615 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-615 Cfa-Mir-615 Cja-Mir-615 Eca-Mir-615 Ete-Mir-615 Hsa-Mir-615 Laf-Mir-615 Mml-Mir-615 Mmr-Mir-615 Mmu-Mir-615 Ocu-Mir-615 Pab-Mir-615 Rno-Mir-615 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_9: 45777680-45777743 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-615) |
Mir-615
scaffold_9: 45777680-45777743 [-]
UCSC
Mir-196-P4 scaffold_9: 45819379-45819437 [-] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGGAUCCCAGCGACUCGGGAGGGGCGGGAGGGGGGUCCCCGGUGCUCGGAUCUCGAGAGUGCUUAUUGUUCGGUCCGAGCCUGGGUCUCCCUCUUCCCCCCACACCCCCCUCAGCCCUCCGGCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AGGAUCCCAGCGACUCGGGA---| C UC U UCGAGAGUG GGGG GGGAGGGGGG CCCGG GCUCGGAUC \ CCCC CCUUCUCCCU GGGUC CGAGCCUGG C UCGGCCUCCCGACUCCCCCCACA^ - CU - CUUGUUAUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cpo-Mir-615_5p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0047353 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGGGGUCCCCGGUGCUCGGAUC -22
Get sequence
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Mature sequence | Cpo-Mir-615_3p |
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mirBase accession | MIMAT0047354 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
43- UCCGAGCCUGGGUCUCCCUCU -64
Get sequence
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