MirGeneDB ID | Ebu-Mir-223 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-223 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGUUUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-223 Ami-Mir-223 Bta-Mir-223 Cfa-Mir-223 Cja-Mir-223 Cli-Mir-223 Cmi-Mir-223 Cpi-Mir-223 Cpo-Mir-223 Dno-Mir-223 Dre-Mir-223 Eca-Mir-223 Ete-Mir-223 Gga-Mir-223 Gja-Mir-223 Gmo-Mir-223 Hsa-Mir-223-v1 Hsa-Mir-223-v2 Laf-Mir-223 Lch-Mir-223 Loc-Mir-223 Mal-Mir-223 Mdo-Mir-223 Mml-Mir-223 Mmr-Mir-223 Mmu-Mir-223 Mun-Mir-223 Neu-Mir-223 Oan-Mir-223 Ocu-Mir-223 Pab-Mir-223 Pbv-Mir-223 Pma-Mir-223 Rno-Mir-223 Sha-Mir-223 Spt-Mir-223 Sto-Mir-223 Tgu-Mir-223 Tni-Mir-223 Xla-Mir-223 Xtr-Mir-223 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02009956.1: 2741999-2742057 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCGGUAGACCCCUCAUUGCCAUUGGCGGCCGUGUGUAUGUGGCGAACUGUGGUGAAGAGAUGACCCUUCAGUUUGUCAUAUACACCGGGCAGCCUGUGGCGCUCACACGGGGUCACCAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCGGUAGACCCCUCAUU-- U G GU U-| UGAAG GCCAU GGC GCC GUGUAUGUGGCGAACUG GG A CGGUG CCG CGG CACAUAUACUGUUUGAC CC G UACCACUGGGGCACACUCG U A GC UU^ CAGUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Ebu-Mir-223_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUGUGUAUGUGGCGAACUGUGG -22
Get sequence
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Mature sequence | Ebu-Mir-223_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UCAGUUUGUCAUAUACACCGGG -59
Get sequence
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