MirGeneDB ID | Mmu-Mir-223 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-223 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUCAGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-223 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-223 Ami-Mir-223 Bta-Mir-223 Cfa-Mir-223 Cja-Mir-223 Cli-Mir-223 Cmi-Mir-223 Cpi-Mir-223 Cpo-Mir-223 Dno-Mir-223 Dre-Mir-223 Ebu-Mir-223 Eca-Mir-223 Ete-Mir-223 Gga-Mir-223 Gja-Mir-223 Gmo-Mir-223 Hsa-Mir-223-v1 Hsa-Mir-223-v2 Laf-Mir-223 Lch-Mir-223 Loc-Mir-223 Mal-Mir-223 Mdo-Mir-223 Mml-Mir-223 Mmr-Mir-223 Mun-Mir-223 Neu-Mir-223 Oan-Mir-223 Ocu-Mir-223 Pab-Mir-223 Pbv-Mir-223 Pma-Mir-223 Rno-Mir-223 Sha-Mir-223 Spt-Mir-223 Sto-Mir-223 Tgu-Mir-223 Tni-Mir-223 Xla-Mir-223 Xtr-Mir-223 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chrX: 96242842-96242906 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCUGAUCUGGCCAUCUGCAGUGUCACGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCUGUGUGGUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGUGGCUCAUGCCUAUCAGCUCCAGGUCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUGAUCUGGCCAUCUG- GU-| CCGU GUUGGACACUCU CA GUCACGCU GUAUUUGACAAGCUGA \ GU CGGUGUGA CAUAAACUGUUUGACU G CCUGGACCUCGACUAUCC ACU^ ACCC GUGAGAUGGUGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | The Dicer cuts on the 5p arm are highly variable. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Mmu-Mir-223_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0017056 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-223-5p miRDB: MIMAT0017056 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Mmu-Mir-223_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0000665 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- UGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAA -65
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000665 TargetScanVert: mmu-miR-223-3p miRDB: MIMAT0000665 |