MirGeneDB ID | Eca-Mir-430-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-372 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Eca-Mir-430-P1 Eca-Mir-430-P2 Eca-Mir-430-P3 Eca-Mir-430-P4 Eca-Mir-430-P5 Eca-Mir-430-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cja-Mir-430-P6 Dno-Mir-430-P6 Hsa-Mir-430-P6 Mml-Mir-430-P6 Mmr-Mir-430-P6 Mmu-Mir-430-P6 Pab-Mir-430-P6 Rno-Mir-430-P6a Rno-Mir-430-P6b Xla-Mir-430-o6a Xla-Mir-430-o6b Xtr-Mir-430-o6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009157.1: 23263034-23263093 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P6) |
Mir-430-P5
CM009157.1: 23262827-23262886 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-430-P6 CM009157.1: 23263034-23263093 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGGUCCCGGGUCAGCUGCUCAGCCUGCGGGACUCAAAUGUGGAAGCACUCUUCGAACAUCGGGAUGGAAAGUGCUGCGACAUUUGAGUGUCGCCGGUGGGCACCCUCCACGGAACCCAAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGGUCCCGGGUCAGCUG---| G U G GGA C GAACA CUCA CC GCGG ACUCAAAUGU AGCACU UUC U GGGU GG CGCU UGAGUUUACA UCGUGA AGG C GAACCCAAGGCACCUCCCAC^ - C G GCG A UAGGG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Eca-Mir-430-P6_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACUCAAAUGUGGAAGCACUCUUC -23
Get sequence
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Mature sequence | Eca-Mir-430-P6_3p |
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mirBase accession | MIMAT0034639 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AAAGUGCUGCGACAUUUGAGUGU -60
Get sequence
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