| MirGeneDB ID | Eca-Mir-430-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | eca-mir-302b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Eca-Mir-430-P2 Eca-Mir-430-P3 Eca-Mir-430-P4 Eca-Mir-430-P5 Eca-Mir-430-P6 Eca-Mir-430-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-430-P1 Ami-Mir-430-P1 Bta-Mir-430-P1 Cfa-Mir-430-P1 Cja-Mir-430-P1 Cli-Mir-430-P1 Cmi-Mir-430-P1 Cpi-Mir-430-P1 Cpo-Mir-430-P1 Dno-Mir-430-P1 Dre-Mir-430-o1a Dre-Mir-430-o1b1 Dre-Mir-430-o1b2 Dre-Mir-430-o1b3 Dre-Mir-430-o1b4 Dre-Mir-430-o1b5 Dre-Mir-430-o1b6 Dre-Mir-430-o1b7 Dre-Mir-430-o1b8 Dre-Mir-430-o1c Dre-Mir-430-o1d1 Dre-Mir-430-o1d2 Dre-Mir-430-o1d3 Dre-Mir-430-o1d4 Dre-Mir-430-o1d5 Dre-Mir-430-o1d6 Dre-Mir-430-o1d7 Dre-Mir-430-o1e1 Dre-Mir-430-o1e2 Dre-Mir-430-o1e3 Ete-Mir-430-P1 Gga-Mir-430-P1 Hsa-Mir-430-P1 Laf-Mir-430-P1 Mdo-Mir-430-P1 Mml-Mir-430-P1 Mmr-Mir-430-P1 Mmu-Mir-430-P1 Mun-Mir-430-P1 Neu-Mir-430-P1 Oan-Mir-430-P1 Ocu-Mir-430-P1 Pab-Mir-430-P1 Rno-Mir-430-P1 Sha-Mir-430-P1 Spt-Mir-430-P1 Sto-Mir-430-P1 Tgu-Mir-430-P1 Xla-Mir-430-P1a Xla-Mir-430-P1b Xtr-Mir-430-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009149.1: 114120447-114120508 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P1) |
Mir-430-P1
CM009149.1: 114120447-114120508 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-430-P2 CM009149.1: 114120580-114120639 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P3 CM009149.1: 114120752-114120812 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P4 CM009149.1: 114120912-114120972 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P2a CM009149.1: 114121041-114121100 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUCACCCCUCGAGUGGAUGGACUCUCUUUAACUUUAACAUGGACGUGCUUUCUGUGACUUGCAAAAUAGUAAGUGCUUCCAUGUUUUAGUAGAAGUGAAUCCAAAUUAUUCCUCUGGAUGCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUCACCCCUCGAGUGGA--| C U A UU C UG U GUGACU UGGA UC CUUU ACU AACAUGGA G CUU CU U ACCU AG GAAG UGA UUGUACCU C GAA GA G ACGUAGGUCUCCUUAUUAA^ A U A UU U GU U UAAAAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Eca-Mir-430-P1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUUUAACAUGGACGUGCUUUCU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Eca-Mir-430-P1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0012912 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UAAGUGCUUCCAUGUUUUAGUAG -62
Get sequence
|
