MirGeneDB ID | Eca-Mir-430-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Eca-Mir-430-P1 Eca-Mir-430-P2 Eca-Mir-430-P3 Eca-Mir-430-P4 Eca-Mir-430-P5 Eca-Mir-430-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-430-P7 Cfa-Mir-430-P7d1 Cfa-Mir-430-P7d2 Cja-Mir-430-P7 Hsa-Mir-430-P7 Laf-Mir-430-P7 Mml-Mir-430-P7 Mmr-Mir-430-P7 Mmu-Mir-430-P7a Mmu-Mir-430-P7b Mmu-Mir-430-P7c Pab-Mir-430-P7 Rno-Mir-430-P7a Rno-Mir-430-P7b Rno-Mir-430-P7c Xla-Mir-430-o7a Xla-Mir-430-o7b Xtr-Mir-430-o7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009157.1: 23263641-23263698 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P7) |
Mir-430-P5
CM009157.1: 23262827-23262886 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-430-P6 CM009157.1: 23263034-23263093 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGAACCGGUUCCAAGCGCUCAGGCUGUGAGACUCAAAAUGGGGGCGCUUGCCGUGUUCGUGACAGGAAAGUGCUUUCAUUUUGUGUGUCCCCGUUUGAGGAGAGCAUCUCAGGAGCUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GGAACCGGUUCCAAGCG--| UGU G U GG G GUGUU CUCAGGC GA AC CAAAAUG GGCGCUU CC C GAGUUUG CU UG GUUUUAC UCGUGAA GG G GUCGAGGACUCUACGAGAG^ CCC G U UU A ACAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Eca-Mir-430-P7_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACUCAAAAUGGGGGCGCUUGCC -22
Get sequence
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Mature sequence | Eca-Mir-430-P7_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- AAAGUGCUUUCAUUUUGUGUGU -58
Get sequence
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