| MirGeneDB ID | Ete-Mir-504-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-504 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GACCCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ete-Mir-504-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-504-v1 Cfa-Mir-504-v1 Cja-Mir-504-v1 Cpo-Mir-504-v1 Dno-Mir-504-v1 Eca-Mir-504-v1 Hsa-Mir-504-v1 Laf-Mir-504 Mml-Mir-504-v1 Mmr-Mir-504-v1 Mmu-Mir-504-v1 Ocu-Mir-504-v1 Pab-Mir-504-v1 Rno-Mir-504-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (echTel2) |
JH980367: 6316013-6316071 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAGUAAAAUGCUGACGCUGCUGCUGUUGGGAGACCCUGGUCUGCACUCUAUCUGUAUGCUUACUGAGGGGAGAGCAGAGCAGGGUUUCCCAUACAGAGGGCACAGGCUGCUGCCCUGUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CAGUAAAAUGCUGACGCU G- - G A A-| UGUAU GCU CUGU UGGGAGACCCUG UCUGC CUCU UC G CGG GACA ACCCUUUGGGAC AGACG GAGG AG C GUGUCCCGUCGUCGGACA GA U G A GG^ UCAUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ete-Mir-504-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGACCCUGGUCUGCACUCUAUC -22
Get sequence
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| Star sequence | Ete-Mir-504-v1_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GGGAGAGCAGAGCAGGGUUUCC -59
Get sequence
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