MirGeneDB ID | Laf-Mir-504 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-504 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GACCCUG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-504-v1 Bta-Mir-504-v2 Cfa-Mir-504-v1 Cfa-Mir-504-v2 Cja-Mir-504-v1 Cja-Mir-504-v2 Cpo-Mir-504-v1 Cpo-Mir-504-v2 Dno-Mir-504-v1 Dno-Mir-504-v2 Eca-Mir-504-v1 Eca-Mir-504-v2 Ete-Mir-504-v1 Ete-Mir-504-v2 Hsa-Mir-504-v1 Hsa-Mir-504-v2 Mml-Mir-504-v1 Mml-Mir-504-v2 Mmr-Mir-504-v1 Mmr-Mir-504-v2 Mmu-Mir-504-v1 Mmu-Mir-504-v2 Ocu-Mir-504-v1 Ocu-Mir-504-v2 Pab-Mir-504-v1 Pab-Mir-504-v2 Rno-Mir-504-v1 Rno-Mir-504-v2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010116.1: 2513706-2513765 [+] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUGUGAAGUGAUGAAUCUGCUGCUGUUGGGAGACCCUGGUCUGCACUCUUAUCUGUAUGCUUACUGAGGGGAGAGCAGGGCAGGGUUUCCCAUACAGAGGGCACAGGCUACCACCUGUGGGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUGUGAAGUGAUGAAUCU G- -| G A UA UGUAU GCU CUGU UGGGAGACCCUG UCUGC CUCU UC G CGG GACA ACCCUUUGGGAC GGACG GAGG AG C GGUGUCCACCAUCGGACA GA U^ G A GG UCAUU . 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Laf-Mir-504_5p (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGACCCUGGUCUGCACUCUUAUC -23
Get sequence
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Laf-Mir-504_3p* (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- GGGGAGAGCAGGGCAGGGUUUCC -60
Get sequence
|