MirGeneDB ID | Bta-Mir-504-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-504 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GACCCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bta-mir-504 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bta-Mir-504-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cfa-Mir-504-v1 Cja-Mir-504-v1 Cpo-Mir-504-v1 Dno-Mir-504-v1 Eca-Mir-504-v1 Ete-Mir-504-v1 Hsa-Mir-504-v1 Laf-Mir-504 Mml-Mir-504-v1 Mmr-Mir-504-v1 Mmu-Mir-504-v1 Ocu-Mir-504-v1 Pab-Mir-504-v1 Rno-Mir-504-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037357.1: 22089371-22089429 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-504-v1) |
Mir-504-v1
NC_037357.1: 22089371-22089429 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-504-v2 NC_037357.1: 22089372-22089428 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAGUGGAACGUUGACGAGGCUGCUGUUGGGAGACCCUGGUCUGCACUCUGUCUGUAUGCUUACUGAAGGGAGCGCAGGGCAGGGUUUCCCAUACAGAGGGCACAGGCAACCACUGCAUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AAGUGGAACGUUGACGAG G- - G A G-| UGUAU GCU CUGU UGGGAGACCCUG UCUGC CUCU UC G CGG GACA ACCCUUUGGGAC GGACG GAGG AG C GUACGUCACCAACGGACA GA U G C GA^ UCAUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Bta-Mir-504-v1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0009340 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGACCCUGGUCUGCACUCUGUCU -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-504 |
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Star sequence | Bta-Mir-504-v1_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- AGGGAGCGCAGGGCAGGGUUUCC -59
Get sequence
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