MirGeneDB ID | Ocu-Mir-504-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-504 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACCCUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ocu-mir-504 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ocu-Mir-504-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-504-v2 Cfa-Mir-504-v2 Cja-Mir-504-v2 Cpo-Mir-504-v2 Dno-Mir-504-v2 Eca-Mir-504-v2 Ete-Mir-504-v2 Hsa-Mir-504-v2 Laf-Mir-504 Mml-Mir-504-v2 Mmr-Mir-504-v2 Mmu-Mir-504-v2 Pab-Mir-504-v2 Rno-Mir-504-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0002: 1830936-1830992 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-504-v2) |
Mir-504-v1
chrUn0002: 1830935-1830993 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-504-v2 chrUn0002: 1830936-1830992 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGUGGAAUGUUGAAUUAGCUGCUGUUGGGAGACCCUGGUCUGCACUCUAUCUGUAUGCAUAUUGAAGGGAGUGCAGGGCAGGGUUUCCCAUACAGAGGGCACAGGCUACCACCGCAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGUGGAAUGUUGAAUUAG- G - G A-| UGUAU CU CUGU UGGGAGACCCUG UCUGCACUCU UC G GG GACA ACCCUUUGGGAC GGACGUGAGG AG C UACGCCACCAUCGGACACG A U G GA^ UUAUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Ocu-Mir-504-v2_5p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0048501 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GACCCUGGUCUGCACUCUAUC -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Ocu-Mir-504-v2_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0048502 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- GGGAGUGCAGGGCAGGGUUUC -57
Get sequence
|