MirGeneDB ID | Gga-Mir-490 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-490 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AACCUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gga-mir-490 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-490 Ami-Mir-490 Bta-Mir-490 Cfa-Mir-490 Cja-Mir-490 Cli-Mir-490 Cpi-Mir-490 Cpo-Mir-490 Dno-Mir-490 Eca-Mir-490 Ete-Mir-490 Gja-Mir-490 Hsa-Mir-490 Laf-Mir-490 Mdo-Mir-490 Mml-Mir-490 Mmr-Mir-490 Mmu-Mir-490 Neu-Mir-490 Oan-Mir-490 Ocu-Mir-490 Pab-Mir-490 Pbv-Mir-490 Rno-Mir-490 Sha-Mir-490 Spt-Mir-490 Tgu-Mir-490 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Amniota | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Amniota | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
1: 57867710-57867771 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUGCUGUCUUCAUAAGUUCAUGGUUCGACACCAUGGAUCUCCAGGUGGGUCAAGAUUAUAGAGAUACACCAACCUGGAGGACUCCAUGCUGUUGAGCUGUUCACAAGCAGCGGAAGCCAAUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GUGCUGUCUUCAUAAGUUC--- C --| G CAAGAUUA AUGGUUCGACA CAUGGA UCUCCAGGU GGU \ UGUCGAGUUGU GUACCU GGAGGUCCA CCA U AUAACCGAAGGCGACGAACACU C CA^ A CAUAGAGA 120 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Gga-Mir-490_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0026633 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCAUGGAUCUCCAGGUGGGU -20
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-490-5p miRDB: MIMAT0026633 |
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Mature sequence | Gga-Mir-490_3p |
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mirBase accession | MIMAT0003366 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- CAACCUGGAGGACUCCAUGCUGU -62
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-490-3p miRDB: MIMAT0003366 |