MirGeneDB 3.0

MirGeneDB ID

Gmo-Mir-29-P1d2

Family name MIR-29 (all species)
Seed AGCACCA
Species Cod (Gadus morhua)
MiRBase ID gmo-mir-29b-1
Paralogues Gmo-Mir-29-P1b1  Gmo-Mir-29-P1b2  Gmo-Mir-29-P1d1  Gmo-Mir-29-P2b1  Gmo-Mir-29-P2d1  Gmo-Mir-29-P2d2 
Orthologues Aae-Mir-29-P1  Aca-Mir-29-P1d-v1  Aca-Mir-29-P1d-v2  Aga-Mir-29-P1  Agr-Mir-29-P1  Ami-Mir-29-P1d-v1  Ami-Mir-29-P1d-v2  Asu-Mir-29-P1  Bfl-Mir-29-P1  Bla-Mir-29-P1  Cbr-Mir-29-P1  Cel-Mir-29-P1  Cfa-Mir-29-P1d-v1  Cfa-Mir-29-P1d-v2  Cin-Mir-29-o1  Cja-Mir-29-P1d-v1  Cja-Mir-29-P1d-v2  Cli-Mir-29-P1d-v1  Cli-Mir-29-P1d-v2  Cmi-Mir-29-P1d  Cpi-Mir-29-P1d-v1  Cpi-Mir-29-P1d-v2  Cpo-Mir-29-P1d-v1  Cpo-Mir-29-P1d-v2  Csc-Mir-29-P1  Cte-Mir-29-P1  Dan-Mir-29-P1  Dgr-Mir-29-P1  Dlo-Mir-29-P1  Dma-Mir-29-P1  Dme-Mir-29-P1  Dmo-Mir-29-P1  Dno-Mir-29-P1d-v1  Dno-Mir-29-P1d-v2  Dpu-Mir-29-P1  Dre-Mir-29-P1d2  Dsi-Mir-29-P1  Dya-Mir-29-P1  Eba-Mir-29-P1  Eca-Mir-29-P1d-v1  Eca-Mir-29-P1d-v2  Esc-Mir-29-P1  Ete-Mir-29-P1d-v1  Ete-Mir-29-P1d-v2  Gga-Mir-29-P1d-v1  Gga-Mir-29-P1d-v2  Gja-Mir-29-P1d-v1  Gja-Mir-29-P1d-v2  Gpa-Mir-29-P1  Gsp-Mir-29  Hme-Mir-29-P1  Hru-Mir-29-P1  Hsa-Mir-29-P1d-v1  Hsa-Mir-29-P1d-v2  Isc-Mir-29-P1  Laf-Mir-29-P1d-v1  Laf-Mir-29-P1d-v2  Lch-Mir-29-P1d  Lhy-Mir-29-P1  Llo-Mir-29-P1  Loc-Mir-29-P1d  Mal-Mir-29-P1d2-v1  Mal-Mir-29-P1d2-v2  Mdo-Mir-29-P1d-v1  Mdo-Mir-29-P1d-v2  Mgi-Mir-29-P1  Mml-Mir-29-P1d-v1  Mml-Mir-29-P1d-v2  Mmr-Mir-29-P1d-v1  Mmr-Mir-29-P1d-v2  Mmu-Mir-29-P1d-v1  Mmu-Mir-29-P1d-v2  Mom-Mir-29-P1  Mun-Mir-29-P1d-v1  Mun-Mir-29-P1d-v2  Npo-Mir-29-P1  Oan-Mir-29-P1d-v1  Oan-Mir-29-P1d-v2  Obi-Mir-29-P1  Ocu-Mir-29-P1d-v1  Ocu-Mir-29-P1d-v2  Ofu-Mir-29-P1  Ovu-Mir-29-P1  Pab-Mir-29-P1d-v1  Pab-Mir-29-P1d-v2  Pau-Mir-29-P1  Pbv-Mir-29-P1d-v1  Pbv-Mir-29-P1d-v2  Pcr-Mir-29-P1  Pdu-Mir-29-P1  Pfl-Mir-29-P1  Pmi-Mir-29-P1  Pve-Mir-29-P1  Rph-Mir-29-P1  Sha-Mir-29-P1d-v1  Sha-Mir-29-P1d-v2  Sko-Mir-29-P1  Snu-Mir-29-P1  Spt-Mir-29-P1d  Spu-Mir-29-P1  Sto-Mir-29-P1d  Tca-Mir-29-P1  Tgu-Mir-29-P1d-v1  Tgu-Mir-29-P1d-v2  Tni-Mir-29-P1d2  Tur-Mir-29-P1  War-Mir-29-P1  Xbo-Mir-29-P1  Xtr-Mir-29-P1d 
Node of Origin (locus) Clupeocephala
Node of Origin (family) Bilateria
Genome context
(Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel)
contig10139: 148-208 [-] UCSC Ensembl
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)
AACCGACCCUCAGAAAUACUCCCCUUGGAAGCUGGUUUCCGAUGGUGGCUUAGAGUGCGGUCCUCCAUCUAGCACCAUUUGAAAUCAGUGUUCUUGUGGUGGGAUGUGAACUUCUCCCACA
Get precursor sequence
Structure
        10        20          30         40        50        60 
AACCGACCCUCAGAAAUAC   -  UU-    -|        C       G  U   GUGCGG 
                   UCC CC   GGAA GCUGGUUUC GAUGGUG CU AGA      \
                   GGG GG   UCUU UGACUAAAG UUACCAC GA UCU      U
ACACCCUCUUCAAGUGUA-   U  UGU    G^        U       -  -   ACCUCC 
 .       110        100        90        80          70
Deep sequencing
Go to detailed chart
3' NTU No
MotifsUGUG in loop
Tissue expression
 +
Br Gi He In Li Sk Sp Wh
Star sequence

Gmo-Mir-29-P1d2_5p*

mirBase accessionMIMAT0043999
Sequence
0- GCUGGUUUCCGAUGGUGGCUUAGA -24
Get sequence
Mature sequence

Gmo-Mir-29-P1d2_3p

mirBase accessionMIMAT0044000
Sequence
39- UAGCACCAUUUGAAAUCAGUGU -61
Get sequence