| MirGeneDB ID | Hru-Mir-1986-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-1986 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGAUUUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Red Abalone (Haliotis rufescens) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Hru-Mir-1986-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-1986 Cte-Mir-1986 Eba-Mir-1986 Efe-Mir-1986 Lan-Mir-1986 Lgi-Mir-1986 Lhy-Mir-1986 Mgi-Mir-1986 Mom-Mir-1986 Npo-Mir-1986 Obi-Mir-1986 Ofu-Mir-1986 Ovu-Mir-1986 Pdu-Mir-1986 Rph-Mir-1986 War-Mir-1986 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | H. rufescens | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_023055435.1_xgHalRufe1.0.p_genomic_plus_traces) |
JALGQA010000006.1: 52827721-52827778 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCACAGAUGAAGAAGGUCGGUGGUUGUGAGCGCGGACCGUGGGGACUCCACACUUACAUUCUAAUGUGGAUUUCCCAAGAUCCGUGAUCACAGUAGCUCCGUCAGCAUCAUUACAAAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UCACAGAUGAAGAAGGUC--| GG G CCG C CUUAC GGU UUGUGA CGCGGA UGGGGA UCCACA A UCG GACACU GUGCCU ACCCUU AGGUGU U GAAACAUUACUACGACUGCC^ AU A AGA U AAUCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Hru-Mir-1986-P2_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGCGGACCGUGGGGACUCCACA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Hru-Mir-1986-P2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UGGAUUUCCCAAGAUCCGUGAU -58
Get sequence
|
