MirGeneDB ID | Sha-Mir-7371-P20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-7371 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCUGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sha-Mir-7371-o1 Sha-Mir-7371-o2 Sha-Mir-7371-o3 Sha-Mir-7371-o4-v1 Sha-Mir-7371-o4-v2 Sha-Mir-7371-o13 Sha-Mir-7371-o14 Sha-Mir-7371-o15 Sha-Mir-7371-o16 Sha-Mir-7371-o17 Sha-Mir-7371-o18 Sha-Mir-7371-o19 Sha-Mir-7371-o20 Sha-Mir-7371-o24 Sha-Mir-7371-o25 Sha-Mir-7371-o26 Sha-Mir-7371-o27 Sha-Mir-7371-o28 Sha-Mir-7371-P11d Sha-Mir-7371-P11e Sha-Mir-7371-P12a Sha-Mir-7371-P12b Sha-Mir-7371-P13 Sha-Mir-7371-P15 Sha-Mir-7371-P17 Sha-Mir-7371-P18 Sha-Mir-7371-P19-v1 Sha-Mir-7371-P19-v2 Sha-Mir-7371-P25 Sha-Mir-7371-P28a Sha-Mir-7371-P28b Sha-Mir-7371-P29 Sha-Mir-7371-P39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Mdo-Mir-7371-P20 Neu-Mir-7371-P20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (DEVIL_add) |
GL867599.1: 275372-275430 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAUCCUGCCAUCAUGCCCUCCAUGUGCCCCAGCUGUACUAGAUGCUGCAUUUUAGAGAUUGUGUGAAAUGUUGCAUCUUGUGCACUAGUGGCUGUUGGAGAAAACCCUUCUAGCCUGAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UAUCCUGCCAUCAUGCC-- UGU CC-| C U U AGAGA CUCCA GCC AG UGUAC AGAUGC GCAUUUU \ GAGGU CGG UC ACGUG UCUACG UGUAAAG U GAGUCCGAUCUUCCCAAAA UGU UGA^ - U U UGUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Sha-Mir-7371-P20_5p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGCUGUACUAGAUGCUGCAUUUU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Sha-Mir-7371-P20_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- AAUGUUGCAUCUUGUGCACUAGU -59
Get sequence
|