MirGeneDB ID | Sto-Mir-217-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-217 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UACUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cloudy Catshark (Scyliorhinus torazame) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sto-Mir-217-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-217-v2 Ami-Mir-217-v2 Bfl-Mir-217 Bla-Mir-217 Bta-Mir-217-v2 Cfa-Mir-217-v2 Cja-Mir-217-v2 Cli-Mir-217-v2 Cmi-Mir-217 Cpi-Mir-217-v2 Cpo-Mir-217-v2 Dno-Mir-217-v2 Dre-Mir-217-v2 Eca-Mir-217-v2 Ete-Mir-217-v2 Gga-Mir-217-v2 Gja-Mir-217-v2 Gmo-Mir-217 Hsa-Mir-217-v2 Laf-Mir-217 Lch-Mir-217 Loc-Mir-217 Mal-Mir-217 Mdo-Mir-217 Mml-Mir-217-v2 Mmr-Mir-217 Mmu-Mir-217-v2 Mun-Mir-217-v2 Neu-Mir-217-v2 Oan-Mir-217-v2 Ocu-Mir-217-v2 Pab-Mir-217-v2 Pbv-Mir-217-v2 Rno-Mir-217-v2 Sha-Mir-217-v2 Spt-Mir-217 Tgu-Mir-217-v2 Tni-Mir-217 Xtr-Mir-217-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_003427355_STO_add) |
BFAA01001329.1: 111508-111568 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGUGACAGAGCAGUUUUUCUGAUGUCGCAGAUACUGCAUCAGGAACUGAUUGGAUAAUAUUCAGACACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAAGCAUCAGUGAUUCAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AGUGACAGAGCAGUUUUUCU--| CGC A C C U AUAAUA GAUGU AG UA UGCAU AGGAACUGAU GG U CUACG UC GU ACGUA UCCUUGACUA CC U AACUUAGUGACUACGAACAAAU^ ACU C U A - ACAGAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Sto-Mir-217-v2_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUACUGCAUCAGGAACUGAUUGG -23
Get sequence
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Star sequence | Sto-Mir-217-v2_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- AUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCU -61
Get sequence
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