MirGeneDB ID | Mmu-Mir-217-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-217 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UACUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Mir-217-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-217-v2 Ami-Mir-217-v2 Bfl-Mir-217 Bla-Mir-217 Bta-Mir-217-v2 Cfa-Mir-217-v2 Cli-Mir-217-v2 Cmi-Mir-217 Cpi-Mir-217-v2 Cpo-Mir-217-v2 Dno-Mir-217-v2 Dre-Mir-217-v2 Ete-Mir-217-v2 Gga-Mir-217-v2 Gja-Mir-217-v2 Gmo-Mir-217 Hsa-Mir-217-v2 Lch-Mir-217 Loc-Mir-217 Mal-Mir-217 Mdo-Mir-217 Mml-Mir-217-v2 Mun-Mir-217-v2 Oan-Mir-217-v2 Ocu-Mir-217-v2 Pbv-Mir-217-v2 Rno-Mir-217-v2 Sha-Mir-217-v2 Spt-Mir-217 Sto-Mir-217-v2 Tgu-Mir-217-v2 Tni-Mir-217 Xtr-Mir-217-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr11: 28763760-28763820 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-217-v2) |
Mir-216-P2a
chr11: 28746204-28746265 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-216-P2b chr11: 28757018-28757079 [+] UCSC Ensembl Mir-217-v2 chr11: 28763760-28763820 [+] UCSC Ensembl Mir-217-v1 chr11: 28763761-28763819 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACAUAGUCAUUACAGUUUUUGAUGUUGCAGAUACUGCAUCAGGAACUGACUGGAUAAGACUUAAUCCCCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAACCACCAGCAAACACCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 ACAUAGUCAUUACAGUUUUU--| C A C C C AUAAGA GAUGUUG AG UA UGCAU AGGAACUGA UGG C CUACGAC UC GU ACGUA UCCUUGACU ACC U CCACAAACGACCACCAACAAAU^ U C U A - CCUAAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mmu-Mir-217-v2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0000679 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUACUGCAUCAGGAACUGACUGG -23
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000679 TargetScanVert: mmu-miR-217-5p miRDB: MIMAT0000679 |
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Star sequence | Mmu-Mir-217-v2_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0017072 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- AUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCU -61
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-217-3p miRDB: MIMAT0017072 |