| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-217-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-217 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UACUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ocu-Mir-217-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-217-v2 Ami-Mir-217-v2 Bfl-Mir-217 Bla-Mir-217 Bta-Mir-217-v2 Cfa-Mir-217-v2 Cja-Mir-217-v2 Cli-Mir-217-v2 Cmi-Mir-217 Cpi-Mir-217-v2 Cpo-Mir-217-v2 Dno-Mir-217-v2 Dre-Mir-217-v2 Eca-Mir-217-v2 Ete-Mir-217-v2 Gga-Mir-217-v2 Gja-Mir-217-v2 Gmo-Mir-217 Hsa-Mir-217-v2 Laf-Mir-217 Lch-Mir-217 Loc-Mir-217 Mal-Mir-217 Mdo-Mir-217 Mml-Mir-217-v2 Mmr-Mir-217 Mmu-Mir-217-v2 Mun-Mir-217-v2 Neu-Mir-217-v2 Oan-Mir-217-v2 Pab-Mir-217-v2 Pbv-Mir-217-v2 Rno-Mir-217-v2 Sha-Mir-217-v2 Spt-Mir-217 Sto-Mir-217-v2 Tgu-Mir-217-v2 Tni-Mir-217 Xtr-Mir-217-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chr2: 130108838-130108898 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-217-v2) |
Mir-216-P2a
chr2: 130089612-130089673 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-216-P2b chr2: 130101540-130101601 [+] UCSC Ensembl Mir-217-v2 chr2: 130108838-130108898 [+] UCSC Ensembl Mir-217-v1 chr2: 130108839-130108897 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACCUAAUUAUUACAGUUUUUGAUGUCGCAGAUACUGCAUCAGGAACUGAUUGGAUAAGAAUCUGUCACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAAGCACCAGUAAACCCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACCUAAUUAUUACAGUUUUU--| CGC A C C U AUAAGA GAUGU AG UA UGCAU AGGAACUGAU GG A CUACG UC GU ACGUA UCCUUGACUA CC U CCCCAAAUGACCACGAACAAAU^ ACU C U A - ACUGUC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ocu-Mir-217-v2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0048345 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUACUGCAUCAGGAACUGAUUGG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ocu-Mir-217-v2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0048346 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCU -61
Get sequence
|
