| MirGeneDB ID | Xla-Mir-202-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-202 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UCCUAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xla-mir-202 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-202-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-202 Ami-Mir-202 Bta-Mir-202 Cfa-Mir-202 Cja-Mir-202 Cli-Mir-202 Cmi-Mir-202 Cpi-Mir-202 Cpo-Mir-202 Dno-Mir-202 Dre-Mir-202 Ebu-Mir-202 Eca-Mir-202 Ete-Mir-202 Gga-Mir-202 Gja-Mir-202 Gmo-Mir-202 Hsa-Mir-202 Laf-Mir-202 Lch-Mir-202 Loc-Mir-202 Mal-Mir-202 Mml-Mir-202 Mmr-Mir-202 Mmu-Mir-202 Mun-Mir-202 Neu-Mir-202 Oan-Mir-202 Ocu-Mir-202 Pab-Mir-202 Pbv-Mir-202 Rno-Mir-202 Sha-Mir-202 Spt-Mir-202 Sto-Mir-202 Tgu-Mir-202 Tni-Mir-202 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030737.1: 16859612-16859669 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGGUACAGUGAAUGCACUCGCUGUUCCUUUUUCCUAUGCAUAUACCUCUUUGAAUAAUGAAUGUAAAGAGGCAUAGGGCAUGGGAAAAUGGGGCAGCCGAGCCUCUCUGCAGUACUAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UGGUACAGUGAAUGCAC- - U A-| A GAAUAA UC GCUGUUCC UUUUCCUAUGC UAU CCUCUUU \ AG CGACGGGG AAAAGGGUACG AUA GGAGAAA U GAUCAUGACGUCUCUCCG C U GG^ C UGUAAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Xla-Mir-202-P4_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0046522 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUCCUAUGCAUAUACCUCUUU -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Xla-Mir-202-P4_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0046523 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AGAGGCAUAGGGCAUGGGAAAA -58
Get sequence
|
