MirGeneDB ID | Gga-Mir-202 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-202 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCCUAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gga-mir-202 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-202 Ami-Mir-202 Bta-Mir-202 Cfa-Mir-202 Cja-Mir-202 Cli-Mir-202 Cmi-Mir-202 Cpi-Mir-202 Cpo-Mir-202 Dno-Mir-202 Dre-Mir-202 Ebu-Mir-202 Eca-Mir-202 Ete-Mir-202 Gja-Mir-202 Gmo-Mir-202 Hsa-Mir-202 Laf-Mir-202 Lch-Mir-202 Loc-Mir-202 Mal-Mir-202 Mml-Mir-202 Mmr-Mir-202 Mmu-Mir-202 Mun-Mir-202 Neu-Mir-202 Oan-Mir-202 Ocu-Mir-202 Pab-Mir-202 Pbv-Mir-202 Pma-Mir-202-P5 Pma-Mir-202-P6 Rno-Mir-202 Sha-Mir-202 Spt-Mir-202 Sto-Mir-202 Tgu-Mir-202 Tni-Mir-202 Xla-Mir-202-P3 Xla-Mir-202-P4 Xtr-Mir-202-P1 Xtr-Mir-202-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
6: 22456120-22456177 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCACAUCUUGAUUUGGCUCGUUGUUCCUUUUUCCUAUGCAUAUACUUCUUUGAGAGUUUGAUCUAAAGAGGCAUAGAGCAUGGGAAAAUGGGGCGACUGAGGUACUCCGCCAUUCAUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCACAUCUUGAUUUGGCUC-- U A-| A GAGAGU GUUGUUCC UUUUCCUAUGC UAU CUUCUUU \ CAGCGGGG AAAAGGGUACG AUA GGAGAAA U UUACUUACCGCCUCAUGGAGU U AG^ C UCUAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gga-Mir-202_5p |
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mirBase accession | MIMAT0003354 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUCCUAUGCAUAUACUUCUUU -21
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-202-5p miRDB: MIMAT0003354 |
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Star sequence | Gga-Mir-202_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0003355 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- AGAGGCAUAGAGCAUGGGAAAA -58
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-202-3p miRDB: MIMAT0003355 |