| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-202-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-202 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UCCUAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-202-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xtr-Mir-202-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-202 Ami-Mir-202 Bta-Mir-202 Cfa-Mir-202 Cja-Mir-202 Cli-Mir-202 Cmi-Mir-202 Cpi-Mir-202 Cpo-Mir-202 Dno-Mir-202 Dre-Mir-202 Ebu-Mir-202 Eca-Mir-202 Ete-Mir-202 Gga-Mir-202 Gja-Mir-202 Gmo-Mir-202 Hsa-Mir-202 Laf-Mir-202 Lch-Mir-202 Loc-Mir-202 Mal-Mir-202 Mml-Mir-202 Mmr-Mir-202 Mmu-Mir-202 Mun-Mir-202 Neu-Mir-202 Oan-Mir-202 Ocu-Mir-202 Pab-Mir-202 Pbv-Mir-202 Rno-Mir-202 Sha-Mir-202 Spt-Mir-202 Sto-Mir-202 Tgu-Mir-202 Tni-Mir-202 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. tropicalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr7: 18578561-18578618 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-202-P1) |
Mir-202-P1
chr7: 18578561-18578618 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-202-P2 chr7: 18586271-18586328 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGGUACGGUGCAUUUACUCGCUGUUCCUUUUUCCUAUGCAUAUACCUCUUUGAAAAAUAAAUGUAAAGGGGCAUAGGGCAUGGGAAAAUGGCGCAGCUGAGCCCCUCUGCAGUACUAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UGGUACGGUGCAUUUACUC-- U U A-| A GAAAAA GCUGU CC UUUUCCUAUGC UAU CCUCUUU \ CGACG GG AAAAGGGUACG AUA GGGGAAA U AAUCAUGACGUCUCCCCGAGU C U GG^ C UGUAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xtr-Mir-202-P1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003620 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUCCUAUGCAUAUACCUCUUU -21
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-202-5p |
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| Star sequence | Xtr-Mir-202-P1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003621 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AGGGGCAUAGGGCAUGGGAAAA -58
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-202-3p |
