| MirGeneDB ID | Cli-Mir-202 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-202 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UCCUAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cli-mir-202 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-202 Ami-Mir-202 Bta-Mir-202 Cfa-Mir-202 Cja-Mir-202 Cmi-Mir-202 Cpi-Mir-202 Cpo-Mir-202 Dno-Mir-202 Dre-Mir-202 Ebu-Mir-202 Eca-Mir-202 Ete-Mir-202 Gga-Mir-202 Gja-Mir-202 Gmo-Mir-202 Hsa-Mir-202 Laf-Mir-202 Lch-Mir-202 Loc-Mir-202 Mal-Mir-202 Mml-Mir-202 Mmr-Mir-202 Mmu-Mir-202 Mun-Mir-202 Neu-Mir-202 Oan-Mir-202 Ocu-Mir-202 Pab-Mir-202 Pbv-Mir-202 Pma-Mir-202-P5 Pma-Mir-202-P6 Rno-Mir-202 Sha-Mir-202 Spt-Mir-202 Sto-Mir-202 Tgu-Mir-202 Tni-Mir-202 Xla-Mir-202-P3 Xla-Mir-202-P4 Xtr-Mir-202-P1 Xtr-Mir-202-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (colLiv2) |
scaffold262: 1438281-1438338 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUGGAUCUUGAUCUGACUCGUUGUUCCUUUUUCCUAUGCAUAUACUUCUUUGAGAAUUUGAUCUAAAGAGGCAUAGGGCAUGGGAAAAUGGGGCGACUGAGGUACUUCACCAUUUAUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GUGGAUCUUGAUCUGACUC-- U A-| A GAGAAU GUUGUUCC UUUUCCUAUGC UAU CUUCUUU \ CAGCGGGG AAAAGGGUACG AUA GGAGAAA U UUAUUUACCACUUCAUGGAGU U GG^ C UCUAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cli-Mir-202_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0038579 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUCCUAUGCAUAUACUUCUUU -21
Get sequence
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| Star sequence | Cli-Mir-202_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AGAGGCAUAGGGCAUGGGAAAA -58
Get sequence
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