| MirGeneDB ID | Bta-Mir-27-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-27 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UCACAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | bta-mir-27b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bta-Mir-27-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-27-P2 Ami-Mir-27-P2 Cfa-Mir-27-P2 Cja-Mir-27-P2 Cli-Mir-27-P2 Cmi-Mir-27-P2 Cpi-Mir-27-P2 Cpo-Mir-27-P2 Dno-Mir-27-P2 Dre-Mir-27-P2a Dre-Mir-27-P2b Eca-Mir-27-P2 Ete-Mir-27-P2 Gga-Mir-27-P2 Gja-Mir-27-P2 Gmo-Mir-27-P2b Hsa-Mir-27-P2 Laf-Mir-27-P2 Lch-Mir-27-P2 Loc-Mir-27-P2 Mal-Mir-27-P2a Mal-Mir-27-P2b Mdo-Mir-27-P2 Mml-Mir-27-P2 Mmr-Mir-27-P2 Mmu-Mir-27-P2 Mun-Mir-27-P2 Neu-Mir-27-P2 Oan-Mir-27-P2 Ocu-Mir-27-P2 Pab-Mir-27-P2 Pbv-Mir-27-P2 Pma-Mir-27-o2 Rno-Mir-27-P2 Sha-Mir-27-P2 Spt-Mir-27-P2 Sto-Mir-27-P2 Tgu-Mir-27-P2 Tni-Mir-27-P2b Xla-Mir-27-P2c Xla-Mir-27-P2d Xtr-Mir-27-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037335.1: 81617258-81617320 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-27-P2) |
Mir-2475
NC_037335.1: 81616377-81616437 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-23-P2 NC_037335.1: 81617032-81617091 [+] UCSC Ensembl Mir-27-P2 NC_037335.1: 81617258-81617320 [+] UCSC Ensembl Mir-24-P2 NC_037335.1: 81617799-81617858 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGCCCAGCGACGACCUCUCUGACGAGGUGCAGAGCUUAGCUGAUUGGUGAACAGUGACUGGUUUCCGCUUUGUUCACAGUGGCUAAGUUCUGCACCUGAAGAGAAGGUGAGAUGGGGCCAGUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCCCAGCGACGACCUC----| GACG AUUG GUGACUGG UCU AGGUGCAGAGCUUAGCUG GUGAACA \ AGA UCCACGUCUUGAAUCGGU CACUUGU U UUGACCGGGGUAGAGUGGAAG^ AG-- GA-- UUCGCCUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Bta-Mir-27-P2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGAGCUUAGCUGAUUGGUGAACA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Bta-Mir-27-P2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0003546 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UUCACAGUGGCUAAGUUCUGC -63
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-27b |
