| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-544-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-544 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CUUGUUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-544 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cfa-Mir-544-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-544 Cja-Mir-544 Dno-Mir-544 Eca-Mir-544 Ete-Mir-544 Hsa-Mir-544 Laf-Mir-544 Mml-Mir-544 Mmr-Mir-544 Mmu-Mir-544 Ocu-Mir-544 Pab-Mir-544 Rno-Mir-544 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. familiaris | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr8: 69277674-69277730 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-544-P1) |
Mir-154-P1
chr8: 69253808-69253866 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-154-P2-v2 chr8: 69255094-69255151 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P2-v1 chr8: 69255095-69255150 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3-v1 chr8: 69255553-69255607 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3-v2 chr8: 69255554-69255606 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P4 chr8: 69256764-69256820 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6a-v2 chr8: 69257494-69257549 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6a-v1 chr8: 69257494-69257549 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P7 chr8: 69257795-69257852 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P8a chr8: 69258540-69258597 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P8b chr8: 69258856-69258913 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P9 chr8: 69261399-69261454 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P11 chr8: 69263406-69263463 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P12 chr8: 69265169-69265226 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P35 chr8: 69267179-69267234 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P1 chr8: 69269753-69269810 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P2 chr8: 69270115-69270172 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P3 chr8: 69270499-69270556 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P4 chr8: 69270881-69270938 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P5 chr8: 69271259-69271316 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P15 chr8: 69271824-69271885 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P16 chr8: 69273238-69273297 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P17 chr8: 69274990-69275052 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P18 chr8: 69275495-69275554 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P19 chr8: 69276318-69276381 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P20 chr8: 69276881-69276939 [+] UCSC Ensembl Mir-544-P1 chr8: 69277674-69277730 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P23 chr8: 69281090-69281147 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P24 chr8: 69283122-69283179 [+] UCSC Ensembl Mir-134 chr8: 69283503-69283563 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P25 chr8: 69284239-69284297 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P28 chr8: 69289429-69289482 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P29 chr8: 69290943-69291002 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P30 chr8: 69293782-69293835 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P32 chr8: 69294073-69294128 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P33 chr8: 69294377-69294432 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAUGCCUCUAAGAUUUUCAUCACCUAGGGAUCUUGUUAAAAGGCAGAUUCUGAUUUAGGGACCAAGAUUCUGCAUUUUUAGCAAGUUCCCAAGUGAUGCUAGCGCUGCUGGUCGGUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AAUGCCUCUAAGAUUUU--| CUA U - U GAUUUA CAUCAC GGGA CUUGUUAAAAG GCAGA UCU \ GUAGUG CCCU GAACGAUUUUU CGUCU AGA G GUGGCUGGUCGUCGCGAUC^ AA- U A U ACCAGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cfa-Mir-544-P1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUUGUUAAAAGGCAGAUUCU -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cfa-Mir-544-P1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0009910 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AUUCUGCAUUUUUAGCAAGUU -57
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-544 miRDB: MIMAT0009910 |
