| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-218-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-218 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGUGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-218-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-218-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-218-P2 Ami-Mir-218-P2 Bta-Mir-218-P2 Cfa-Mir-218-P2 Cja-Mir-218-P2 Cli-Mir-218-P2 Cmi-Mir-218-P2 Cpi-Mir-218-P2 Dno-Mir-218-P2 Dre-Mir-218-P2 Eca-Mir-218-P2 Ete-Mir-218-P2 Gga-Mir-218-P2 Gja-Mir-218-P2 Gmo-Mir-218-P2 Hsa-Mir-218-P2 Laf-Mir-218-P2 Lch-Mir-218-P2 Loc-Mir-218-P2 Mal-Mir-218-P2 Mdo-Mir-218-P2 Mml-Mir-218-P2 Mmr-Mir-218-P2 Mmu-Mir-218-P2 Mun-Mir-218-P2 Neu-Mir-218-P2 Oan-Mir-218-P2 Ocu-Mir-218-P2 Pab-Mir-218-P2 Pbv-Mir-218-P2 Pma-Mir-218-o2 Rno-Mir-218-P2 Sha-Mir-218-P2 Spt-Mir-218-P2 Sto-Mir-218-P2 Tgu-Mir-218-P2 Tni-Mir-218-P2 Xla-Mir-218-P2a Xla-Mir-218-P2b Xtr-Mir-218-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_73: 4592625-4592688 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGUGUAGUGAUAAUGUAGCGAGAUUUUCUGUUGUGCUUGAUCUAACCAUGUGGUUGCGAGGUAUGAGUAAAACAUGGUUCCGUCAAGCACCAUGGAACGUCACGCAGCUUUCUACAGCAUGACAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGUGUAGUGAUAAUGUA--| A U U CU GGUUGCGAG GCG GAU UUCUGU GUGCUUGAU AACCAUGU G CGC CUG AAGGUA CACGAACUG UUGGUACA U ACAGUACGACAUCUUUCGA^ A C C CC AAAUGAGUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There are Dicer cuts ranging from +1 to +4 on both arms but this represents the highest mature form across most vertebrates. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-218-P2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047125 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGUGCUUGAUCUAACCAUGU -21
Get sequence
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| Star sequence | Cpo-Mir-218-P2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0047126 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- AUGGUUCCGUCAAGCACCAUG -64
Get sequence
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