MirGeneDB ID | Xla-Mir-218-P2a | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-218 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGUGCUU | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xla-Mir-218-P2b Xla-Mir-218-P4a Xla-Mir-218-P4b | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-218-P2 Ami-Mir-218-P2 Bta-Mir-218-P2 Cfa-Mir-218-P2 Cja-Mir-218-P2 Cli-Mir-218-P2 Cmi-Mir-218-P2 Cpi-Mir-218-P2 Cpo-Mir-218-P2 Dno-Mir-218-P2 Dre-Mir-218-P2 Eca-Mir-218-P2 Ete-Mir-218-P2 Gga-Mir-218-P2 Gja-Mir-218-P2 Gmo-Mir-218-P2 Hsa-Mir-218-P2 Laf-Mir-218-P2 Lch-Mir-218-P2 Loc-Mir-218-P2 Mal-Mir-218-P2 Mdo-Mir-218-P2 Mml-Mir-218-P2 Mmr-Mir-218-P2 Mmu-Mir-218-P2 Mun-Mir-218-P2 Neu-Mir-218-P2 Oan-Mir-218-P2 Ocu-Mir-218-P2 Pab-Mir-218-P2 Pbv-Mir-218-P2 Pma-Mir-218-o2 Rno-Mir-218-P2 Sha-Mir-218-P2 Spt-Mir-218-P2 Sto-Mir-218-P2 Tgu-Mir-218-P2 Tni-Mir-218-P2 Xtr-Mir-218-P2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | X. laevis | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030724.1: 22446440-22446503 [+] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCACUAUUGGUAACAAGGCGAGAUUUUCUGUUGUGCUUGAUCUAACCAUGUGGUUGUGAGGUAUGAGUAAAACAUGGUUCUGUCAAGCACCAUGGAACGUCACGCAGCUUUCUACAGCAUGGCAGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCACUAUUGGUAACAAG--| A U U CU GGUUGUGAG GCG GAU UUCUGU GUGCUUGAU AACCAUGU G CGC CUG AAGGUA CACGAACUG UUGGUACA U ACGGUACGACAUCUUUCGA^ A C C UC AAAUGAGUA 120 110 100 90 80 70 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | There is a Dicer cut +3 on the 3p arm but without a corresponding 5p read. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Xla-Mir-218-P2a_5p |
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mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUGUGCUUGAUCUAACCAUGUG -22
Get sequence
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Star sequence | Xla-Mir-218-P2a_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- CAUGGUUCUGUCAAGCACCAUG -64
Get sequence
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