MirGeneDB ID | Loc-Mir-218-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-218 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGUGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Loc-Mir-218-P3 Loc-Mir-218-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-218-P2 Ami-Mir-218-P2 Bta-Mir-218-P2 Cfa-Mir-218-P2 Cja-Mir-218-P2 Cli-Mir-218-P2 Cmi-Mir-218-P2 Cpi-Mir-218-P2 Cpo-Mir-218-P2 Dno-Mir-218-P2 Dre-Mir-218-P2 Eca-Mir-218-P2 Ete-Mir-218-P2 Gga-Mir-218-P2 Gja-Mir-218-P2 Gmo-Mir-218-P2 Hsa-Mir-218-P2 Laf-Mir-218-P2 Lch-Mir-218-P2 Mal-Mir-218-P2 Mdo-Mir-218-P2 Mml-Mir-218-P2 Mmr-Mir-218-P2 Mmu-Mir-218-P2 Mun-Mir-218-P2 Neu-Mir-218-P2 Oan-Mir-218-P2 Ocu-Mir-218-P2 Pab-Mir-218-P2 Pbv-Mir-218-P2 Pma-Mir-218-o2 Rno-Mir-218-P2 Sha-Mir-218-P2 Spt-Mir-218-P2 Sto-Mir-218-P2 Tgu-Mir-218-P2 Tni-Mir-218-P2 Xla-Mir-218-P2a Xla-Mir-218-P2b Xtr-Mir-218-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (LepOcu1) |
LG4: 9803039-9803102 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUAGUGGAGAAAAUUCAGCAGGGUUUUCCUUUGUGCUUGAUCUAACCAUGUGGUUGCGAGGUAUGUGUAAAACAUGGUUCUGUCAAGCACCAUGGAACGUCUUGCAGUGUUCUACAGCAUGACAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CUAGUGGAGAAAAUUCA--| UU UUU CU GGUUGCGAG GCAGGG UUCC GUGCUUGAU AACCAUGU G CGUUCU AAGG CACGAACUG UUGGUACA U ACAGUACGACAUCUUGUGA^ GC UAC UC AAAUGUGUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Loc-Mir-218-P2_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUGUGCUUGAUCUAACCAUGUG -22
Get sequence
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Star sequence | Loc-Mir-218-P2_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- CAUGGUUCUGUCAAGCACCAUG -64
Get sequence
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