MirGeneDB ID | Mmu-Mir-218-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-218 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGUGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-218-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Mir-218-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-218-P2 Ami-Mir-218-P2 Bta-Mir-218-P2 Cfa-Mir-218-P2 Cli-Mir-218-P2 Cmi-Mir-218-P2 Cpi-Mir-218-P2 Cpo-Mir-218-P2 Dno-Mir-218-P2 Dre-Mir-218-P2 Ete-Mir-218-P2 Gga-Mir-218-P2 Gja-Mir-218-P2 Gmo-Mir-218-P2 Hsa-Mir-218-P2 Lch-Mir-218-P2 Loc-Mir-218-P2 Mal-Mir-218-P2 Mdo-Mir-218-P2 Mml-Mir-218-P2 Mun-Mir-218-P2 Oan-Mir-218-P2 Ocu-Mir-218-P2 Pbv-Mir-218-P2 Pma-Mir-218-o2 Rno-Mir-218-P2 Sha-Mir-218-P2 Spt-Mir-218-P2 Sto-Mir-218-P2 Tgu-Mir-218-P2 Tni-Mir-218-P2 Xla-Mir-218-P2a Xla-Mir-218-P2b Xtr-Mir-218-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr5: 48223966-48224029 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGUGUAGUGAUAAUGGAGCGAGAUUUUCUGUUGUGCUUGAUCUAACCAUGUGCUUGCGAGGUAUGAGAAAAACAUGGUUCCGUCAAGCACCAUGGAACGUCACGCAGCUUUCUACAGCAUGGCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GGUGUAGUGAUAAUGGA--| A U U CU GCUUGCGAG GCG GAU UUCUGU GUGCUUGAU AACCAUGU G CGC CUG AAGGUA CACGAACUG UUGGUACA U ACGGUACGACAUCUUUCGA^ A C C CC AAAAGAGUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There are Dicer cuts ranging from +1 to +4 on both arms but this represents the highest mature form across most vertebrates. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mmu-Mir-218-P2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0000663 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUGUGCUUGAUCUAACCAUGU -21
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000663 TargetScanVert: mmu-miR-218-5p miRDB: MIMAT0000663 |
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Star sequence | Mmu-Mir-218-P2_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0004665 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
43- AUGGUUCCGUCAAGCACCAUG -64
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004665 TargetScanVert: mmu-miR-218-1-3p miRDB: MIMAT0004665 |