| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-218-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-218 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGUGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-218-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xtr-Mir-218-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-218-P2 Ami-Mir-218-P2 Bta-Mir-218-P2 Cfa-Mir-218-P2 Cja-Mir-218-P2 Cli-Mir-218-P2 Cmi-Mir-218-P2 Cpi-Mir-218-P2 Cpo-Mir-218-P2 Dno-Mir-218-P2 Dre-Mir-218-P2 Eca-Mir-218-P2 Ete-Mir-218-P2 Gga-Mir-218-P2 Gja-Mir-218-P2 Gmo-Mir-218-P2 Hsa-Mir-218-P2 Laf-Mir-218-P2 Lch-Mir-218-P2 Loc-Mir-218-P2 Mal-Mir-218-P2 Mdo-Mir-218-P2 Mml-Mir-218-P2 Mmr-Mir-218-P2 Mmu-Mir-218-P2 Mun-Mir-218-P2 Neu-Mir-218-P2 Oan-Mir-218-P2 Ocu-Mir-218-P2 Pab-Mir-218-P2 Pbv-Mir-218-P2 Pma-Mir-218-o2 Rno-Mir-218-P2 Sha-Mir-218-P2 Spt-Mir-218-P2 Sto-Mir-218-P2 Tgu-Mir-218-P2 Tni-Mir-218-P2 Xla-Mir-218-P2a Xla-Mir-218-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr1: 22730618-22730681 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCACUUUUGGUAACAAGGCGAGAUUUUCUGUUGUGCUUGAUCUAACCAUGUGGUUGUGAGGUAUGAGUAAAACAUGGUUCUGUCAAGCACCAUGGAACGUCACGCAGCUUUCUACAGCAUGGCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCACUUUUGGUAACAAG--| A U U CU GGUUGUGAG GCG GAU UUCUGU GUGCUUGAU AACCAUGU G CGC CUG AAGGUA CACGAACUG UUGGUACA U ACGGUACGACAUCUUUCGA^ A C C UC AAAUGAGUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a Dicer cut +3 on the 3p arm but without a corresponding 5p read. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xtr-Mir-218-P2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003631 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGUGCUUGAUCUAACCAUGUG -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-218 |
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| Star sequence | Xtr-Mir-218-P2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CAUGGUUCUGUCAAGCACCAUG -64
Get sequence
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