MirGeneDB ID | Cpo-Mir-218-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-218 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGUGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-218-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-218-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-218-P4 Ami-Mir-218-P4 Bta-Mir-218-P4 Cfa-Mir-218-P4 Cja-Mir-218-P4 Cli-Mir-218-P4 Cmi-Mir-218-P4 Cpi-Mir-218-P4 Dno-Mir-218-P4 Dre-Mir-218-P4-v1 Dre-Mir-218-P4-v2 Eca-Mir-218-P4 Ete-Mir-218-P4 Gga-Mir-218-P4 Gja-Mir-218-P4 Gmo-Mir-218-P4 Hsa-Mir-218-P4 Laf-Mir-218-P4 Lch-Mir-218-P4 Loc-Mir-218-P4 Mal-Mir-218-P4 Mdo-Mir-218-P4 Mml-Mir-218-P4 Mmr-Mir-218-P4 Mmu-Mir-218-P4 Oan-Mir-218-P4 Ocu-Mir-218-P4 Pab-Mir-218-P4 Pbv-Mir-218-P4 Rno-Mir-218-P4 Sha-Mir-218-P4 Spt-Mir-218-P4 Sto-Mir-218-P4 Tgu-Mir-218-P4 Tni-Mir-218-P4 Xla-Mir-218-P4a Xla-Mir-218-P4b Xtr-Mir-218-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_17: 14934416-14934479 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-218-P4) |
Mir-218-P4
scaffold_17: 14934416-14934479 [-]
UCSC
Mir-12072 scaffold_17: 14952640-14952698 [-] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GACUCUGACCAGUCGCCGCGGGGCUUUCCUUUGUGCUUGAUCUAACCAUGUGGUGGAACGAUGGAAACGGAACAUGGUUCUGUCAAGCACCGCGGAAAGCACCGCGCUCUCCUGCAGCAUGGCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GACUCUGACCAGUCGCC--| G UUU CU GGUGGAACG GCGG GCUUUCC GUGCUUGAU AACCAUGU A CGCC CGAAAGG CACGAACUG UUGGUACA U CCGGUACGACGUCCUCUCG^ A CGC UC AGGCAAAGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Dicer cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpo-Mir-218-P4_5p |
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mirBase accession | MIMAT0047125 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUGUGCUUGAUCUAACCAUGU -21
Get sequence
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Star sequence | Cpo-Mir-218-P4_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0047127 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
43- AUGGUUCUGUCAAGCACCGCG -64
Get sequence
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