| MirGeneDB ID | Tgu-Mir-218-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-218 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGUGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tgu-mir-218-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tgu-Mir-218-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-218-P4 Ami-Mir-218-P4 Bta-Mir-218-P4 Cfa-Mir-218-P4 Cja-Mir-218-P4 Cli-Mir-218-P4 Cmi-Mir-218-P4 Cpi-Mir-218-P4 Cpo-Mir-218-P4 Dno-Mir-218-P4 Dre-Mir-218-P4-v1 Dre-Mir-218-P4-v2 Eca-Mir-218-P4 Ete-Mir-218-P4 Gga-Mir-218-P4 Gja-Mir-218-P4 Gmo-Mir-218-P4 Hsa-Mir-218-P4 Laf-Mir-218-P4 Lch-Mir-218-P4 Loc-Mir-218-P4 Mal-Mir-218-P4 Mdo-Mir-218-P4 Mml-Mir-218-P4 Mmr-Mir-218-P4 Mmu-Mir-218-P4 Oan-Mir-218-P4 Ocu-Mir-218-P4 Pab-Mir-218-P4 Pbv-Mir-218-P4 Rno-Mir-218-P4 Sha-Mir-218-P4 Spt-Mir-218-P4 Sto-Mir-218-P4 Tni-Mir-218-P4 Xla-Mir-218-P4a Xla-Mir-218-P4b Xtr-Mir-218-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (TaeGut1_add) |
13: 5379572-5379635 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCUGACUCUGGCUGUCCAUGGGGUUUUCCUUUGUGCUUGAUCUAACCAUGUGGUAGAACAAUACAAAUGGAACAUGGUUCUGUCAAGCACCAUGGAAGGCUGCAUACUCCCUGCAGCAUGGCAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCUGACUCUGGCUGUCC--| G UUU CU GGUAGAACA AUG GGUUUUCC GUGCUUGAU AACCAUGU A UAC UCGGAAGG CACGAACUG UUGGUACA U UACGGUACGACGUCCCUCA^ G UAC UC AGGUAAACA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | There is a second Dicer cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tgu-Mir-218-P4_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0014522 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGUGCUUGAUCUAACCAUGU -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Tgu-Mir-218-P4_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- AUGGUUCUGUCAAGCACCAUG -64
Get sequence
|
