| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-218-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-218 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGUGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-218a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-218-P2 Gmo-Mir-218-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-218-P4 Ami-Mir-218-P4 Bta-Mir-218-P4 Cfa-Mir-218-P4 Cja-Mir-218-P4 Cli-Mir-218-P4 Cmi-Mir-218-P4 Cpi-Mir-218-P4 Cpo-Mir-218-P4 Dno-Mir-218-P4 Dre-Mir-218-P4-v1 Dre-Mir-218-P4-v2 Eca-Mir-218-P4 Ete-Mir-218-P4 Gga-Mir-218-P4 Gja-Mir-218-P4 Hsa-Mir-218-P4 Laf-Mir-218-P4 Lch-Mir-218-P4 Loc-Mir-218-P4 Mal-Mir-218-P4 Mdo-Mir-218-P4 Mml-Mir-218-P4 Mmr-Mir-218-P4 Mmu-Mir-218-P4 Oan-Mir-218-P4 Ocu-Mir-218-P4 Pab-Mir-218-P4 Pbv-Mir-218-P4 Rno-Mir-218-P4 Sha-Mir-218-P4 Spt-Mir-218-P4 Sto-Mir-218-P4 Tgu-Mir-218-P4 Tni-Mir-218-P4 Xla-Mir-218-P4a Xla-Mir-218-P4b Xtr-Mir-218-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_3401: 218692-218757 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CACCUUGCUCCUGUGAAGUGCAGCUGUCUCUUGUGCUUGAUCUAACCAUGUGGCCCCCUCCUGUUGUGACAUCACAUGGUUCCGUCAAGCGCCAGGGAUCGCCUGGCACGCGCCCACCUGCCUCUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CACCUUGCUCCUGUGAAG A--| U U CU GCCCCCUCC UGC GC GUCUCU GUGCUUGAU AACCAUGUG U ACG CG UAGGGA CGCGAACUG UUGGUACAC G CUCUCCGUCCACCCGCGC GUC^ C C CC UACAGUGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gmo-Mir-218-P4_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0044017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGUGCUUGAUCUAACCAUGUG -22
Get sequence
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| Star sequence | Gmo-Mir-218-P4_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0044222 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- CAUGGUUCCGUCAAGCGCCAGG -66
Get sequence
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