MirGeneDB ID | Eca-Mir-383-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-383 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAUCAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-383 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Eca-Mir-383-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-383-v1 Ami-Mir-383-v1 Bta-Mir-383-v1 Cfa-Mir-383-v1 Cja-Mir-383-v1 Cli-Mir-383-v1 Cpi-Mir-383-v1 Cpo-Mir-383-v1 Dno-Mir-383-v1 Ete-Mir-383-v1 Gga-Mir-383-v1 Gja-Mir-383-v1 Hsa-Mir-383-v1 Laf-Mir-383-v1 Mdo-Mir-383-v1 Mml-Mir-383-v1 Mmr-Mir-383-v1 Mmu-Mir-383-v1 Mun-Mir-383 Oan-Mir-383-v1 Ocu-Mir-383-v1 Pab-Mir-383-v1 Pbv-Mir-383-v1 Rno-Mir-383-v1 Sha-Mir-383-v1 Spt-Mir-383 Tgu-Mir-383-v1 Xtr-Mir-383-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Tetrapoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Tetrapoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009174.1: 18220082-18220143 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-383-v1) |
Mir-383-v2
CM009174.1: 18220081-18220144 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-383-v1 CM009174.1: 18220082-18220143 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACUUCAGAAUCUCCACGUCACCUGCUCCUCAGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCUUUGGGUGGAUAUUAAUCAGCCACAGCACUGCCUGGUCAGAAAGAGCAAGUGUCCUAGCCUUUUACCUCAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 ACUUCAGAAUCUCCACGU- C C-| A AA A UUGGGUGG CAC UGCUC UC GAUCAG GGUG UUGUGGCU \ GUG ACGAG AG CUGGUC UCAC GACACCGA A UACUCCAUUUUCCGAUCCU A AA^ A CG - CUAAUUAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Eca-Mir-383-v1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0013185 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCU -22
Get sequence
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Star sequence | Eca-Mir-383-v1_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- CCACAGCACUGCCUGGUCAGA -62
Get sequence
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