MirGeneDB ID | Xtr-Mir-383-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-383 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAUCAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | xtr-mir-383 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xtr-Mir-383-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-383-v1 Ami-Mir-383-v1 Bta-Mir-383-v1 Cfa-Mir-383-v1 Cja-Mir-383-v1 Cli-Mir-383-v1 Cpi-Mir-383-v1 Cpo-Mir-383-v1 Dno-Mir-383-v1 Eca-Mir-383-v1 Ete-Mir-383-v1 Gga-Mir-383-v1 Gja-Mir-383-v1 Hsa-Mir-383-v1 Laf-Mir-383-v1 Mdo-Mir-383-v1 Mml-Mir-383-v1 Mmr-Mir-383-v1 Mmu-Mir-383-v1 Mun-Mir-383 Oan-Mir-383-v1 Ocu-Mir-383-v1 Pab-Mir-383-v1 Pbv-Mir-383-v1 Rno-Mir-383-v1 Sha-Mir-383-v1 Spt-Mir-383 Tgu-Mir-383-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Tetrapoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Tetrapoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (xenTro9_add) |
chr1: 32341380-32341441 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-383-v1) |
Mir-383-v1
chr1: 32341380-32341441 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-383-v2 chr1: 32341380-32341442 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAUACGGGAUACCUCAGUCACCUGCUCCUCAGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCUUUUAGUAGAUAUUAAGCAGCCACAGCACUGCCUGGUCAGAAAGAGCAAGUGUACUUGCCUUUUGCUCCGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CAUACGGGAUACCUCAGU- C C-| A AA A UUUAGUAG CAC UGCUC UC GAUCAG GGUG UUGUGGCU \ GUG ACGAG AG CUGGUC UCAC GACACCGA A AGCCUCGUUUUCCGUUCAU A AA^ A CG - CGAAUUAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Xtr-Mir-383-v1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0003639 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCU -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-383 |
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Star sequence | Xtr-Mir-383-v1_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- CCACAGCACUGCCUGGUCAGA -62
Get sequence
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