MirGeneDB ID | Ete-Mir-551-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-551 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CGACCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-551-P2 Ami-Mir-551-P2 Bta-Mir-551-P2 Cfa-Mir-551-P2 Cja-Mir-551-P2 Cli-Mir-551-P2 Cmi-Mir-551-P2 Cpi-Mir-551-P2 Cpo-Mir-551-P2 Dno-Mir-551-P2 Dre-Mir-551-P2 Eca-Mir-551-P2 Gga-Mir-551-P2 Gja-Mir-551-P2 Gmo-Mir-551-P2 Hsa-Mir-551-P2 Laf-Mir-551-P2 Lch-Mir-551-P2 Loc-Mir-551-P2 Mal-Mir-551-P2 Mdo-Mir-551-P2 Mml-Mir-551-P2 Mmr-Mir-551-P2 Mmu-Mir-551-P2 Mun-Mir-551-P2 Neu-Mir-551-P2 Oan-Mir-551-P2 Ocu-Mir-551-P2 Pab-Mir-551-P2 Pbv-Mir-551-P2 Rno-Mir-551-P2 Sha-Mir-551-P2 Spt-Mir-551-P2 Sto-Mir-551-P2 Tgu-Mir-551-P2 Xla-Mir-551-P2a Xla-Mir-551-P2b Xtr-Mir-551-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (echTel2) |
JH980310: 35443848-35443907 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGACUCUGGCCAGCAUGUCUCGUGGCCCAUGAAAUCAAGCAUGGGUGAGACCUGGUGCAGAACAGGAAGGCGACCCAUACUUGGUUUCAGAGGCUGCGAGAAGACCUGCGGUUAUGCGAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UGACUCUGGCCAGCAUG--| UG CA C GAGA GGUGCA UCUCG GCC UGAAAUCAAG AUGGGU CCU G AGAGC CGG ACUUUGGUUC UACCCA GGA A GAGCGUAUUGGCGUCCAGA^ GU AG A GC-- AGGACA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Ete-Mir-551-P2_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAAAUCAAGCAUGGGUGAGACCU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Ete-Mir-551-P2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- GCGACCCAUACUUGGUUUCAG -60
Get sequence
|