MirGeneDB ID | Tgu-Mir-551-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-551 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CGACCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-551-P2 Ami-Mir-551-P2 Bta-Mir-551-P2 Cfa-Mir-551-P2 Cja-Mir-551-P2 Cli-Mir-551-P2 Cmi-Mir-551-P2 Cpi-Mir-551-P2 Cpo-Mir-551-P2 Dno-Mir-551-P2 Dre-Mir-551-P2 Eca-Mir-551-P2 Ete-Mir-551-P2 Gga-Mir-551-P2 Gja-Mir-551-P2 Gmo-Mir-551-P2 Hsa-Mir-551-P2 Laf-Mir-551-P2 Lch-Mir-551-P2 Loc-Mir-551-P2 Mal-Mir-551-P2 Mdo-Mir-551-P2 Mml-Mir-551-P2 Mmr-Mir-551-P2 Mmu-Mir-551-P2 Mun-Mir-551-P2 Neu-Mir-551-P2 Oan-Mir-551-P2 Ocu-Mir-551-P2 Pab-Mir-551-P2 Pbv-Mir-551-P2 Rno-Mir-551-P2 Sha-Mir-551-P2 Spt-Mir-551-P2 Sto-Mir-551-P2 Xla-Mir-551-P2a Xla-Mir-551-P2b Xtr-Mir-551-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (TaeGut1_add) |
9: 22241121-22241181 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGACUCUGCCCAAGCAGCCCCAUGGCUCCAGAAAUCAAGGGUGGGUAAGACCUGGUGAGCAAACUCUAAGGCGACCCAUACUUGGUUUCAGGGGCUGUGGGCGCUCGUCUCCGCCGGGUCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AGACUCUGCCCAAGCAGC--| A GG AAGA GGUGAGC CCCAUGGCUCC GAAAUCAAG UGGGU CCU \ GGGUGUCGGGG CUUUGGUUC ACCCA GGA A CCUGGGCCGCCUCUGCUCGC^ A AU GC-- AUCUCAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Tgu-Mir-551-P2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAAAUCAAGGGUGGGUAAGACCU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Tgu-Mir-551-P2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- GCGACCCAUACUUGGUUUCAG -61
Get sequence
|