MirGeneDB ID | Laf-Mir-551-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-551 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CGACCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Laf-Mir-551-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-551-P2 Ami-Mir-551-P2 Bta-Mir-551-P2 Cfa-Mir-551-P2 Cja-Mir-551-P2 Cli-Mir-551-P2 Cmi-Mir-551-P2 Cpi-Mir-551-P2 Cpo-Mir-551-P2 Dno-Mir-551-P2 Dre-Mir-551-P2 Eca-Mir-551-P2 Ete-Mir-551-P2 Gga-Mir-551-P2 Gja-Mir-551-P2 Gmo-Mir-551-P2 Hsa-Mir-551-P2 Lch-Mir-551-P2 Loc-Mir-551-P2 Mal-Mir-551-P2 Mdo-Mir-551-P2 Mml-Mir-551-P2 Mmr-Mir-551-P2 Mmu-Mir-551-P2 Mun-Mir-551-P2 Neu-Mir-551-P2 Oan-Mir-551-P2 Ocu-Mir-551-P2 Pab-Mir-551-P2 Pbv-Mir-551-P2 Rno-Mir-551-P2 Sha-Mir-551-P2 Spt-Mir-551-P2 Sto-Mir-551-P2 Tgu-Mir-551-P2 Xla-Mir-551-P2a Xla-Mir-551-P2b Xtr-Mir-551-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010069.1: 11978143-11978202 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGACUCUGCCUGAUGUGUCUCGUGGCCCGUGAAAUCAAGCGUGGGUGAGACCUGGUGCAGAACAGGAAGGCGACCCAUACUUGGUUUCAGAGGCUGUGAGAAUAGCUACGGUUAUGAAGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UGACUCUGCCUGAUGUG--| UG CG CG GAGA GGUGCA UCUCG GCC UGAAAUCAAG UGGGU CCU G AGAGU CGG ACUUUGGUUC ACCCA GGA A GGAAGUAUUGGCAUCGAUA^ GU AG AU GC-- AGGACA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Laf-Mir-551-P2_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAAAUCAAGCGUGGGUGAGACCU -23
Get sequence
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Mature sequence | Laf-Mir-551-P2_3p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- GCGACCCAUACUUGGUUUCAG -60
Get sequence
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