MirGeneDB ID | Gmo-Mir-132-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-132 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CCGUGGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gmo-mir-132-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gmo-Mir-132-P1a Gmo-Mir-132-P2a Gmo-Mir-132-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-132-P1 Ami-Mir-132-P1 Bta-Mir-132-P1 Cfa-Mir-132-P1 Cja-Mir-132-P1 Cmi-Mir-132-P1 Cpi-Mir-132-P1 Cpo-Mir-132-P1 Dno-Mir-132-P1 Dre-Mir-132-P1b Eca-Mir-132-P1 Ete-Mir-132-P1 Gga-Mir-132-P1 Gja-Mir-132-P1 Hsa-Mir-132-P1 Laf-Mir-132-P1 Lch-Mir-132-P1 Loc-Mir-132-P1 Mal-Mir-132-P1b Mdo-Mir-132-P1 Mml-Mir-132-P1 Mmr-Mir-132-P1 Mmu-Mir-132-P1 Mun-Mir-132-P1 Neu-Mir-132-P1 Oan-Mir-132-P1 Ocu-Mir-132-P1 Pab-Mir-132-P1 Pbv-Mir-132-P1 Pma-Mir-132-o1 Rno-Mir-132-P1 Sha-Mir-132-P1 Spt-Mir-132-P1 Sto-Mir-132-P1 Tgu-Mir-132-P1 Tni-Mir-132-P1b Xtr-Mir-132-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_4327: 47489-47550 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-132-P1b) |
Mir-132-P2b
GeneScaffold_4327: 47133-47199 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-132-P1b GeneScaffold_4327: 47489-47550 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCCACCUCCUCCCUUGCUGUCUCCAUGGCGACCGUGGCUUUAGAUUGUUACUCUAGCAACAGCACCAUGGUAACAGUCUACAGCCAUGGUCGUUAGGGACAGGUGUCACAGGAACUGAGAGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UCCACCUCCUCCCUUGC----| U A U CUAGCAA UGUC CC UGGCGACCGUGGCU UAGAUUGUUACU C ACAG GG AUUGCUGGUACCGA AUCUGACAAUGG A AGAGAGUCAAGGACACUGUGG^ - - C UACCACG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Gmo-Mir-132-P1b_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0044281 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACCGUGGCUUUAGAUUGUUACU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Co-mature sequence | Gmo-Mir-132-P1b_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0044122 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UAACAGUCUACAGCCAUGGUCG -62
Get sequence
|