| MirGeneDB ID | Ami-Mir-132-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-132 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CCGUGGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-132 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-132-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-132-P1 Bta-Mir-132-P1 Cfa-Mir-132-P1 Cja-Mir-132-P1 Cmi-Mir-132-P1 Cpi-Mir-132-P1 Cpo-Mir-132-P1 Dno-Mir-132-P1 Dre-Mir-132-P1a Dre-Mir-132-P1b Ebu-Mir-132-P1e Ebu-Mir-132-P1f Eca-Mir-132-P1 Ete-Mir-132-P1 Gga-Mir-132-P1 Gja-Mir-132-P1 Gmo-Mir-132-P1a Gmo-Mir-132-P1b Hsa-Mir-132-P1 Laf-Mir-132-P1 Lch-Mir-132-P1 Loc-Mir-132-P1 Mal-Mir-132-P1a Mal-Mir-132-P1b Mdo-Mir-132-P1 Mml-Mir-132-P1 Mmr-Mir-132-P1 Mmu-Mir-132-P1 Mun-Mir-132-P1 Neu-Mir-132-P1 Oan-Mir-132-P1 Ocu-Mir-132-P1 Pab-Mir-132-P1 Pbv-Mir-132-P1 Pma-Mir-132-o1 Rno-Mir-132-P1 Sha-Mir-132-P1 Spt-Mir-132-P1 Sto-Mir-132-P1 Tgu-Mir-132-P1 Tni-Mir-132-P1a Tni-Mir-132-P1b Xla-Mir-132-P1c Xla-Mir-132-P1d Xtr-Mir-132-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017709726.1: 290-347 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-132-P1) |
Mir-132-P1
NW_017709726.1: 290-347 [+]
UCSC
Mir-2184 NW_017709726.1: 567-625 [-] UCSC |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACGUCAACCUCCCCGCACGUCGCCAGGGCAACCGUGGCUUUAGAUUGUUACUGUGUGGUGCGUGGGUAACAGUCUACAGCCAUGGUCGCUGGGCCGGACGCAUCUCGUCGCCGGGCUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 ACGUCAACCUCCCCGCA- --| AG A U GUGUG CGUC GCC GGC ACCGUGGCU UAGAUUGUUACU G GCAG CGG UCG UGGUACCGA AUCUGACAAUGG U GUCGGGCCGCUGCUCUAC GC^ G- C C GUGCG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ami-Mir-132-P1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0038144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCGUGGCUUUAGAUUGUUACU -22
Get sequence
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| Star sequence | Ami-Mir-132-P1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038145 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UAACAGUCUACAGCCAUGGUCG -58
Get sequence
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