| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-8-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-8 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAUACUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-200c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-8-P1a Mdo-Mir-8-P2a Mdo-Mir-8-P2b Mdo-Mir-8-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-8 Asu-Mir-8 Bfl-Mir-8-P1-v1 Bfl-Mir-8-P1-v2 Bge-Mir-8 Bla-Mir-8-P1 Bpl-Mir-8 Bta-Mir-8-P1b Cbr-Mir-8 Cel-Mir-8 Cfa-Mir-8-P1b Cgi-Mir-8 Cin-Mir-8-P1 Cpo-Mir-8-P1b Csc-Mir-8 Cte-Mir-8 Dan-Mir-8 Dma-Mir-8 Dme-Mir-8 Dmo-Mir-8 Dpu-Mir-8 Dre-Mir-8-P1b Dsi-Mir-8 Dya-Mir-8 Esc-Mir-8 Ete-Mir-8-P1b Hme-Mir-8 Hsa-Mir-8-P1b Isc-Mir-8 Lan-Mir-8 Lch-Mir-8-P1b Lgi-Mir-8 Mml-Mir-8-P1b Mmu-Mir-8-P1b Npo-Mir-8 Oan-Mir-8-P1b Obi-Mir-8 Ocu-Mir-8-P1b Ovu-Mir-8 Pfl-Mir-8 Pmi-Mir-8 Rno-Mir-8-P1b Sha-Mir-8-P1b Sko-Mir-8 Spu-Mir-8 Tca-Mir-8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
8: 108475452-108475514 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-8-P1b) |
Mir-8-P1b
8: 108475452-108475514 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-8-P2b 8: 108475865-108475921 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUCGAGUGCGGCUGGCCGGGACUGGCGCCCCAUCUUACCCAGCAGUGUUUGGGUGCCGCUCGGGAGUCUCUAAUACUGCCGGGUAAUGAUGGAGGUCCUUUCCUCAUGACGCCUCCCAAUGCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUCGAGUGCGGCUGGCC-- CU C - -| A U GUGCCGC GGGA GG GCC CCAUC UUACCC GCAGUGUU GG U UCCU CC UGG GGUAG AAUGGG CGUCAUAA CU C CCGUAACCCUCCGCAGUAC UU - A U^ C U CUGAGGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mdo-Mir-8-P1b_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0026694 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUCUUACCCAGCAGUGUUUGG -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-200c-5p |
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| Mature sequence | Mdo-Mir-8-P1b_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0004150 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UAAUACUGCCGGGUAAUGAUGGA -63
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-200c-3p |
