MirGeneDB ID | Dre-Mir-8-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-8 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAUACUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dre-mir-200c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dre-Mir-8-P1a Dre-Mir-8-P2a Dre-Mir-8-P2b Dre-Mir-8-P3a Dre-Mir-8-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-8 Aga-Mir-8 Agr-Mir-8 Asu-Mir-8 Bfl-Mir-8-P1-v1 Bfl-Mir-8-P1-v2 Bge-Mir-8 Bko-Mir-8 Bla-Mir-8-P1 Bpl-Mir-8 Bta-Mir-8-P1b Cbr-Mir-8 Cel-Mir-8 Cfa-Mir-8-P1b Cin-Mir-8-P1 Cja-Mir-8-P1b Cpo-Mir-8-P1b Csc-Mir-8 Cte-Mir-8 Dan-Mir-8 Dgr-Mir-8 Dlo-Mir-8 Dma-Mir-8 Dme-Mir-8 Dmo-Mir-8 Dpu-Mir-8 Dsi-Mir-8 Dya-Mir-8 Eba-Mir-8 Eca-Mir-8-P1b Egr-Mir-8 Esc-Mir-8 Ete-Mir-8-P1b Gpa-Mir-8 Gsa-Mir-8 Hme-Mir-8 Hru-Mir-8 Hsa-Mir-8-P1b Isc-Mir-8 Laf-Mir-8-P1b Lan-Mir-8 Lch-Mir-8-P1b Lgi-Mir-8 Lhy-Mir-8 Llo-Mir-8 Mdo-Mir-8-P1b Mgi-Mir-8 Mml-Mir-8-P1b Mmr-Mir-8-P1b Mmu-Mir-8-P1b Mom-Mir-8 Neu-Mir-8-P1b Npo-Mir-8 Oan-Mir-8-P1b Obi-Mir-8 Ocu-Mir-8-P1b Ofu-Mir-8 Ovu-Mir-8 Pab-Mir-8-P1b Pau-Mir-8 Pca-Mir-8 Pdu-Mir-8 Pfl-Mir-8 Pmi-Mir-8 Pve-Mir-8 Rno-Mir-8-P1b Rph-Mir-8 Sha-Mir-8-P1b Sko-Mir-8 Sma-Mir-8 Snu-Mir-8 Spu-Mir-8 Tca-Mir-8 Tur-Mir-8 War-Mir-8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (danRer11) |
chr6: 40656216-40656274 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-8-P1b) |
Mir-8-P3b
chr6: 40653151-40653208 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-8-P2b chr6: 40656013-40656073 [-] UCSC Ensembl Mir-8-P1b chr6: 40656216-40656274 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUUUGGGAACGGACAAUGGAUGCCUGGCUCCAUCUUACAAGGCAGUUUUGGAUGUUAUAUCUUCUCUAAUACUGCCUGGUAAUGAUGCAGAUGGUCAUCUAGAGGCAACUUUGCAUCUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUUUGGGAACGGACAAU-- -| UGG C - A U UGUUA GGAUG CC CU CAUC UUAC AGGCAGU UUGGA U UCUAC GG GA GUAG AAUG UCCGUCA AAUCU A GUCUACGUUUCAACGGAGA U^ UA- C U G U CUUCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Dre-Mir-8-P1b_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0031986 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAUCUUACAAGGCAGUUUUGGA -22
Get sequence
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Mature sequence | Dre-Mir-8-P1b_3p |
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mirBase accession | MIMAT0001863 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UAAUACUGCCUGGUAAUGAUGCA -59
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-200c |