MirGeneDB ID | Sha-Mir-8-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-8 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAUACUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | sha-mir-200c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sha-Mir-8-P1a Sha-Mir-8-P2a Sha-Mir-8-P2b Sha-Mir-8-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-8 Aga-Mir-8 Agr-Mir-8 Asu-Mir-8 Bfl-Mir-8-P1-v1 Bfl-Mir-8-P1-v2 Bge-Mir-8 Bko-Mir-8 Bla-Mir-8-P1 Bpl-Mir-8 Bta-Mir-8-P1b Cbr-Mir-8 Cel-Mir-8 Cfa-Mir-8-P1b Cin-Mir-8-P1 Cja-Mir-8-P1b Cpo-Mir-8-P1b Csc-Mir-8 Cte-Mir-8 Dan-Mir-8 Dgr-Mir-8 Dlo-Mir-8 Dma-Mir-8 Dme-Mir-8 Dmo-Mir-8 Dpu-Mir-8 Dre-Mir-8-P1b Dsi-Mir-8 Dya-Mir-8 Eba-Mir-8 Eca-Mir-8-P1b Egr-Mir-8 Esc-Mir-8 Ete-Mir-8-P1b Gpa-Mir-8 Gsa-Mir-8 Hme-Mir-8 Hru-Mir-8 Hsa-Mir-8-P1b Isc-Mir-8 Laf-Mir-8-P1b Lan-Mir-8 Lch-Mir-8-P1b Lgi-Mir-8 Lhy-Mir-8 Llo-Mir-8 Mdo-Mir-8-P1b Mgi-Mir-8 Mml-Mir-8-P1b Mmr-Mir-8-P1b Mmu-Mir-8-P1b Mom-Mir-8 Neu-Mir-8-P1b Npo-Mir-8 Oan-Mir-8-P1b Obi-Mir-8 Ocu-Mir-8-P1b Ofu-Mir-8 Ovu-Mir-8 Pab-Mir-8-P1b Pau-Mir-8 Pca-Mir-8 Pdu-Mir-8 Pfl-Mir-8 Pmi-Mir-8 Pve-Mir-8 Rno-Mir-8-P1b Rph-Mir-8 Sko-Mir-8 Sma-Mir-8 Snu-Mir-8 Spu-Mir-8 Tca-Mir-8 Tur-Mir-8 War-Mir-8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (DEVIL_add) |
GL861612.1: 2158081-2158143 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-8-P1b) |
Mir-1549
GL861612.1: 2123649-2123706 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-8-P1b GL861612.1: 2158081-2158143 [+] UCSC Ensembl Mir-8-P2b GL861612.1: 2158494-2158558 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCCGGCCUCGGGCAGGUGGGACGGGUGCCCCAUCUUACCCAGCAGUGUUUGGGUGCUGCUUGGACGUCUCUAAUACUGCCGGGUAACGAUGGAGCUCCUUUCCUUGUGACGCCUCCUAUGCCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CCCGGCCUCGGGCAGGU-- C U C -| A U GUGCUGC GGGA GGG GC CCAUC UUACCC GCAGUGUU GG U UCCU UCC CG GGUAG AAUGGG CGUCAUAA CU U CCCGUAUCCUCCGCAGUGU U U A C^ C U CUGCAGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Sha-Mir-8-P1b_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAUCUUACCCAGCAGUGUUUGG -22
Get sequence
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Mature sequence | Sha-Mir-8-P1b_3p |
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mirBase accession | MIMAT0022825 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UAAUACUGCCGGGUAACGAUGGA -63
Get sequence
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