MirGeneDB ID | Mmu-Mir-219-P2-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-219 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAAUUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-219b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Mir-219-P2 Mmu-Mir-219-P3 Mmu-Mir-219-P3-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-219 Aca-Mir-219-P2 Ami-Mir-219-P2 Bfl-Mir-219 Bge-Mir-219 Bla-Mir-219 Bta-Mir-219-P2 Bta-Mir-219-P2-as Cfa-Mir-219-P2 Cfa-Mir-219-P2-as Cgi-Mir-219 Cin-Mir-219 Cli-Mir-219-P2 Cmi-Mir-219-P2 Cpi-Mir-219-P2 Cpo-Mir-219-P2 Cpo-Mir-219-P2-as Csc-Mir-219 Cte-Mir-219 Dan-Mir-219 Dma-Mir-219 Dme-Mir-219 Dmo-Mir-219 Dno-Mir-219-P2 Dno-Mir-219-P2-as Dpu-Mir-219 Dre-Mir-219-P2a Dre-Mir-219-P2b Dsi-Mir-219 Dya-Mir-219 Esc-Mir-219 Ete-Mir-219-P2 Gga-Mir-219-P2 Gja-Mir-219-P2 Gmo-Mir-219-P2a Hsa-Mir-219-P2 Hsa-Mir-219-P2-as Isc-Mir-219 Lan-Mir-219 Lch-Mir-219-P2 Loc-Mir-219-P2 Mal-Mir-219-P2a Mal-Mir-219-P2b Mdo-Mir-219-P2 Mml-Mir-219-P2 Mml-Mir-219-P2-as Mun-Mir-219-P2 Oan-Mir-219-P2 Obi-Mir-219 Ocu-Mir-219-P2 Ocu-Mir-219-P2-as Ovu-Mir-219 Pbv-Mir-219-P2 Pfl-Mir-219 Pma-Mir-219-o2 Pmi-Mir-219 Rno-Mir-219-P2 Rno-Mir-219-P2-as Sha-Mir-219-P2 Sko-Mir-219 Spt-Mir-219-P2 Spu-Mir-219 Sto-Mir-219-P2 Tca-Mir-219 Tgu-Mir-219-P2 Tni-Mir-219-P2a Tni-Mir-219-P2b Xbo-Mir-219 Xla-Mir-219-P2c Xla-Mir-219-P2d Xtr-Mir-219-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr2: 29845647-29845711 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-219-P2-as) |
Mir-219-P2
chr2: 29845645-29845709 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-219-P2-as chr2: 29845647-29845711 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCGUCUCUGUAGAGCCCGGAGCUCAACCACAGAUGUCCAGCCACAAUUCUCGGUUGGCCGCAGACUCGUACAAGAAUUGCGUUUGGACAAUCAGUGGCGAAGCCCCUGAGUUCAGGGCCCCGGUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UCGUCUCUGUAGAGCCC-- A CAA A -| CCA CGGUUGGCCG GG GCU CCAC GA UGUCCAG CAAUUCU C CC CGA GGUG CU ACAGGUU GUUAAGA A CUGGCCCCGGGACUUGAGU C AGC A A^ UGC ACAUGCUCAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Mmu-Mir-219-P2-as_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0029806 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGAUGUCCAGCCACAAUUCUCG -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-219b-5p miRDB: MIMAT0029806 |
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Mature sequence | Mmu-Mir-219-P2-as_3p |
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mirBase accession | MIMAT0029807 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- AGAAUUGCGUUUGGACAAUCAGU -65
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-219b-3p miRDB: MIMAT0029807 |