MirGeneDB ID | Mmu-Mir-219-P3-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-219 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GACGUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-219c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Mir-219-P2 Mmu-Mir-219-P2-as Mmu-Mir-219-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-219 Aca-Mir-219-P3 Ami-Mir-219-P3 Bfl-Mir-219 Bge-Mir-219 Bla-Mir-219 Bta-Mir-219-P3 Cfa-Mir-219-P3 Cgi-Mir-219 Cin-Mir-219 Cmi-Mir-219-P3 Cpi-Mir-219-P3 Cpo-Mir-219-P3 Csc-Mir-219 Cte-Mir-219 Dan-Mir-219 Dma-Mir-219 Dme-Mir-219 Dmo-Mir-219 Dno-Mir-219-P3 Dpu-Mir-219 Dre-Mir-219-P3a Dsi-Mir-219 Dya-Mir-219 Esc-Mir-219 Ete-Mir-219-P3 Gja-Mir-219-P3 Gmo-Mir-219-P3a Gmo-Mir-219-P3b Hsa-Mir-219-P3 Isc-Mir-219 Lan-Mir-219 Lch-Mir-219-P3 Mal-Mir-219-P3a Mal-Mir-219-P3b Mdo-Mir-219-P3 Mml-Mir-219-P3 Mun-Mir-219-P3-v1 Mun-Mir-219-P3-v2 Obi-Mir-219 Ocu-Mir-219-P3 Ovu-Mir-219 Pbv-Mir-219-P3 Pfl-Mir-219 Pmi-Mir-219 Rno-Mir-219-P3 Sha-Mir-219-P3 Sko-Mir-219 Spt-Mir-219-P3 Spu-Mir-219 Sto-Mir-219-P3-v1 Sto-Mir-219-P3-v2 Tca-Mir-219 Tni-Mir-219-P3a Tni-Mir-219-P3b Xbo-Mir-219 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr17: 34025012-34025073 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-219-P3-as) |
Mir-219-P3
chr17: 34025010-34025072 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-219-P3-as chr17: 34025012-34025073 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCCCCCUCGAGGUUUGGGGGCGGCGGCUCGGGACGUCCAGACGCAACUCUCGGCCGGAGCCAGAGACUCGAGAAUUGCGUUUGGACAAUCAGGAGCCGCGGCCCGGGACGGGGAGAGAAGCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UCCCCCUCGAGGUUUGG- G GG C-| C GCCGGAG GGGC GCGGCUC GA GUCCAGACGCAA UCUCG C CCCG CGCCGAG CU CAGGUUUGCGUU AGAGC C GCGAAGAGAGGGGCAGGG G GA AA^ A UCAGAGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mmu-Mir-219-P3-as_5p |
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mirBase accession | MIMAT0029892 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGACGUCCAGACGCAACUCUCG -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-219c-5p miRDB: MIMAT0029892 |
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Star sequence | Mmu-Mir-219-P3-as_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0029893 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- AGAAUUGCGUUUGGACAAUCAG -62
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-219c-3p miRDB: MIMAT0029893 |