| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-875 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-875 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUACCUC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-875 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-875 Ami-Mir-875 Bta-Mir-875 Cfa-Mir-875 Cja-Mir-875 Cli-Mir-875 Cpi-Mir-875 Ebu-Mir-875 Eca-Mir-875 Ete-Mir-875 Gja-Mir-875 Hsa-Mir-875 Laf-Mir-875 Mdo-Mir-875 Mml-Mir-875 Mmr-Mir-875 Mmu-Mir-875 Mun-Mir-875 Oan-Mir-875 Pab-Mir-875 Pbv-Mir-875 Pma-Mir-875 Rno-Mir-875 Sha-Mir-875 Spt-Mir-875 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chr3: 115199517-115199573 [-] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-875) |
Mir-599
chr3: 115199369-115199427 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-875 chr3: 115199517-115199573 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCAUGGAAAAUUCUUAAAGUUUAGUGGUACUAUACCUCAGUUUUAUCAGGUGUUAUUUAAAAUCACCUGGAAAUACUGAGGUUAUGUUUCACUGAACAUCAACUUCGUGUCUCCCACGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UCAUGGAAAAUUCUUAAA--| U UAU U A UUAUU GUUUAGUGG AC ACCUCAGU UU UCAGGUG \ CAAGUCACU UG UGGAGUCA AA GGUCCAC U CACCCUCUGUGCUUCAACUA^ U UAU U A UAAAA 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ocu-Mir-875_5p (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0048577 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUACCUCAGUUUUAUCAGGUG -22
Get sequence
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| Star sequence | Ocu-Mir-875_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0048578 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CCUGGAAAUACUGAGGUUAUGU -57
Get sequence
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