MirGeneDB ID | Pbv-Mir-143 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-143 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGAUGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Burmese python (Python bivittatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pbv-mir-143 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-143 Ami-Mir-143 Bta-Mir-143 Cfa-Mir-143 Cja-Mir-143 Cli-Mir-143 Cmi-Mir-143 Cpi-Mir-143 Cpo-Mir-143 Dno-Mir-143 Dre-Mir-143 Ebu-Mir-143 Eca-Mir-143 Ete-Mir-143 Gga-Mir-143 Gja-Mir-143 Gmo-Mir-143 Hsa-Mir-143 Laf-Mir-143 Lch-Mir-143 Loc-Mir-143 Mal-Mir-143 Mdo-Mir-143 Mml-Mir-143 Mmr-Mir-143 Mmu-Mir-143 Mun-Mir-143 Neu-Mir-143 Oan-Mir-143 Ocu-Mir-143 Pab-Mir-143 Pma-Mir-143 Rno-Mir-143 Sha-Mir-143 Spt-Mir-143 Sto-Mir-143 Tgu-Mir-143 Xla-Mir-143-P1 Xla-Mir-143-P2 Xtr-Mir-143 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000186305.2_Python_molurus_bivittatus) |
KE953037.1: 158991-159045 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-143) |
Mir-145
KE953037.1: 158363-158422 [-]
Mir-143 KE953037.1: 158991-159045 [-] |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAAGAAUGACUUCGAUGUCUCCCAGCCCAAGGUGCAGUGCUGCAUCUCUGGUCAGUUGUGAGUCUGAGAUGAAGCACUGUAGCUCAGGAAGGGAGGAACAAGGCAACGGAAAGGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UAAGAAUGACUUCGAUG--| AG CA G G UGGUCAGU UCUCCC CC AG UGCAGUGCU CAUCUC \ GGAGGG GG UC AUGUCACGA GUAGAG U AGGAAAGGCAACGGAACAA^ AA AC G A UCUGAGUG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pbv-Mir-143_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0038955 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGUGCAGUGCUGCAUCUCUGG -21
Get sequence
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Mature sequence | Pbv-Mir-143_3p |
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mirBase accession | MIMAT0038956 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- UGAGAUGAAGCACUGUAGCUC -55
Get sequence
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