MirGeneDB ID | Xtr-Mir-143 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-143 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGAUGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | xtr-mir-143 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-143 Ami-Mir-143 Bta-Mir-143 Cfa-Mir-143 Cja-Mir-143 Cli-Mir-143 Cmi-Mir-143 Cpi-Mir-143 Cpo-Mir-143 Dno-Mir-143 Dre-Mir-143 Ebu-Mir-143 Eca-Mir-143 Ete-Mir-143 Gga-Mir-143 Gja-Mir-143 Gmo-Mir-143 Hsa-Mir-143 Laf-Mir-143 Lch-Mir-143 Loc-Mir-143 Mal-Mir-143 Mdo-Mir-143 Mml-Mir-143 Mmr-Mir-143 Mmu-Mir-143 Mun-Mir-143 Neu-Mir-143 Oan-Mir-143 Ocu-Mir-143 Pab-Mir-143 Pbv-Mir-143 Pma-Mir-143 Rno-Mir-143 Sha-Mir-143 Spt-Mir-143 Sto-Mir-143 Tgu-Mir-143 Xla-Mir-143-P1 Xla-Mir-143-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (xenTro9_add) |
chr3: 31806273-31806327 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-143) |
Mir-143
chr3: 31806273-31806327 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-145 chr3: 31807233-31807292 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACGGCAGACACCCACUGUCUCCCAGCCCAAGGUGCAGUGCUGCAUCUCUGGUCAGUUGUGAGUCUGAGAUGAAGCACUGUAGCUCGGGAAGGGGGAAUAACACAGCAACUCAGAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 ACGGCAGACACCCACUG--| AG A G G UGGUCAGU UCUCCC CCC AG UGCAGUGCU CAUCUC \ AGGGGG GGG UC AUGUCACGA GUAGAG U AAGACUCAACGACACAAUA^ AA C G A UCUGAGUG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Xtr-Mir-143_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGUGCAGUGCUGCAUCUCUGGUC -23
Get sequence
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Mature sequence | Xtr-Mir-143_3p |
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mirBase accession | MIMAT0003686 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- UGAGAUGAAGCACUGUAGCUC -55
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-143 |