MirGeneDB ID | Hsa-Mir-143 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-143 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGAUGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Human (Homo sapiens) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | hsa-mir-143 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-143 Ami-Mir-143 Bta-Mir-143 Cfa-Mir-143 Cli-Mir-143 Cmi-Mir-143 Cpi-Mir-143 Cpo-Mir-143 Dno-Mir-143 Dre-Mir-143 Ebu-Mir-143 Ete-Mir-143 Gga-Mir-143 Gja-Mir-143 Gmo-Mir-143 Lch-Mir-143 Loc-Mir-143 Mal-Mir-143 Mdo-Mir-143 Mml-Mir-143 Mmu-Mir-143 Mun-Mir-143 Oan-Mir-143 Ocu-Mir-143 Pbv-Mir-143 Pma-Mir-143 Rno-Mir-143 Sha-Mir-143 Spt-Mir-143 Sto-Mir-143 Tgu-Mir-143 Xla-Mir-143-P1 Xla-Mir-143-P2 Xtr-Mir-143 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (hg38) |
chr5: 149428944-149428998 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-143) |
Mir-143
chr5: 149428944-149428998 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-145 chr5: 149430661-149430720 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGCAGCGCAGCGCCCUGUCUCCCAGCCUGAGGUGCAGUGCUGCAUCUCUGGUCAGUUGGGAGUCUGAGAUGAAGCACUGUAGCUCAGGAAGAGAGAAGUUGUUCUGCAGCCAUCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGCAGCGCAGCGCCCUG--| CCAG G G UGGUCAGU UCUC CCUGAG UGCAGUGCU CAUCUC \ AGAG GGACUC AUGUCACGA GUAGAG U ACUACCGACGUCUUGUUGA^ AGAA G A UCUGAGGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Hsa-Mir-143_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0004599 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGUGCAGUGCUGCAUCUCUGG -21
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004599 TargetScanVert: hsa-miR-143-5p TargetMiner: hsa-miR-143-5p miRDB: MIMAT0004599 |
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Mature sequence | Hsa-Mir-143_3p |
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mirBase accession | MIMAT0000435 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- UGAGAUGAAGCACUGUAGCUC -55
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000435 TargetScanVert: hsa-miR-143-3p TargetMiner: hsa-miR-143-3p miRDB: MIMAT0000435 |