MirGeneDB ID | Dre-Mir-143 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-143 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGAUGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dre-mir-143 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-143 Ami-Mir-143 Bta-Mir-143 Cfa-Mir-143 Cja-Mir-143 Cli-Mir-143 Cmi-Mir-143 Cpi-Mir-143 Cpo-Mir-143 Dno-Mir-143 Ebu-Mir-143 Eca-Mir-143 Ete-Mir-143 Gga-Mir-143 Gja-Mir-143 Gmo-Mir-143 Hsa-Mir-143 Laf-Mir-143 Lch-Mir-143 Loc-Mir-143 Mal-Mir-143 Mdo-Mir-143 Mml-Mir-143 Mmr-Mir-143 Mmu-Mir-143 Mun-Mir-143 Neu-Mir-143 Oan-Mir-143 Ocu-Mir-143 Pab-Mir-143 Pbv-Mir-143 Pma-Mir-143 Rno-Mir-143 Sha-Mir-143 Spt-Mir-143 Sto-Mir-143 Tgu-Mir-143 Xla-Mir-143-P1 Xla-Mir-143-P2 Xtr-Mir-143 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (danRer11) |
chr14: 38742335-38742389 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-143) |
Mir-143
chr14: 38742335-38742389 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-145 chr14: 38743970-38744030 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCCGGCCCGAUCUACAGUCGUCUGGCCCGCGGUGCAGUGCUGCAUCUCUGGUCAACUGGGAGUCUGAGAUGAAGCACUGUAGCUCGGGAGGACAACACUGUCAGCUCAUACAAACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCCGGCCCGAUCUACAGUC---| GG C - G UGGUCAAC GUCU CCCG GG UGCAGUGCU CAUCUC \ CAGG GGGC UC AUGUCACGA GUAGAG U CAAACAUACUCGACUGUCACAA^ A- - G A UCUGAGGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Dre-Mir-143_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGUGCAGUGCUGCAUCUCUGG -21
Get sequence
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Mature sequence | Dre-Mir-143_3p |
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mirBase accession | MIMAT0001840 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- UGAGAUGAAGCACUGUAGCUC -55
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-143 |